Мечеть построена в 970—972 годах по распоряжению фатимидского военачальника Джаухара. Благодаря помощи Фатимидов мечеть процветала, в ней велось также преподавание исмаилитской доктрины. После взятия Каира Саладином в 1171 году аль-Азхар превратился в рядовую мечеть, где уже велось преподавание суннитских дисциплин[1], впоследствии мечеть стала одной из твердынь суннитской ортодоксии.

При мамлюкском султане аз-Захире Байбарсе (1260—1277) было отремонтировано обветшавшее здание и улучшено содержание преподавателей и учащихся. С 1266 года в мечети возобновили чтение проповедей[1].

Аль-Азхар веками служил пристанищем для гонимых и странников; в нём селилась часть иногородних и иноземных преподавателей и учащихся; суфии устраивали в нём свои зикры. Многие знаменательные события разворачивались в стенах аль-Азхара и на площади перед ним. В начале XIX века преподаватели университета возглавили движение против французской оккупации[1].