С 1390 года Мбанза-Конго являлся столицей королевства Конго[1]. Здесь располагалась резиденция правителя страны — мани-конго  (англ.) (рус..

Ещё в XV веке в стране начало утверждаться католичество после прибытия португальцев. В середине XVI века в Мбанза-Конго была построена церковь. На протяжении последующих ста лет город продолжал расти и развиваться; к середине XVII века численность его населения достигала 30 000 чел.[1] Однако в 1660-х годах в королевстве разразилась гражданская война (после поражения королевских войск от португальской армии в сражении при Мбвиле (1665)); в 1678 году город был практически полностью разрушен[1].

Мбанза-Конго был восстановлен в 1705 году антонианистами — последователями Кимпы Виты  (англ.) (рус.. В 1914 году территория королевства вместе с городом стала частью Португальской Западной Африки[1]. С 1975 года — в составе независимого государства Республика Ангола.

В первые месяцы гражданской войны город Сан-Салвадор-ду-Конгу являлся одним из военно-политических оплотов антиправительственного движения ФНЛА и его вооружённых сил. В частности, здесь располагалась база европейских и американских наёмников под командованием Костаса Георгиу, затем Густаво Грильо, завербованных для войны на стороне ФНЛА. В начале февраля 1976 года город был взят правительственными войсками МПЛА.