В X—XI веках на Куршской косе существовало поселение викингов[1]. Оно находилось рядом с нынешним посёлком Рыбачий. Впервые следы викингов были обнаружены немецкими археологами ещё в 1893 году, но только в 2008 году в ходе работ, проводившихся калининградскими археологами, удалось установить, что викинги имели на косе постоянное поселение[2]. В ходе раскопок было обнаружено много предметов, характерных для материальной культуры викингов.

В середине XIII века Куршская коса вошла в состав владений Тевтонского ордена и служила самой короткой дорогой между северной и южной частями земель ордена, соединяя его столицу Мариенбург, замок Кёнигсберг с окружавшими его тремя городами и Мемель (нынешняя Клайпеда). Рыцари построили здесь несколько сторожевых замков для отражения набегов воинственной литвы и жмуди и кирпичный заводик. В то время на косе поддерживался безукоризненный порядок. Но как только орден пришёл в упадок, на косе началась вырубка лесов и выпас скота, что привело к уничтожению растительного слоя, закреплявшего пески. Защиты от ветра не стало, тонкий слой почвы вытоптали копыта коров и дюны начали разрушаться. Обнажившиеся пески стали перемещаться под действием ветра и засыпать целые деревни. В середине XIX века здесь образовалась настоящая пустыня — на полсотни километров к северо-востоку от Заркау (нынешнее Лесное) тянулись песчаные безлесые холмы высотой 60-70 метров. Такое положение дел не устраивало прусские власти, и здесь начались работы по озеленению косы. К Первой мировой войне наступление дюн остановили, а косу засадили соснами. Чтобы защитить берег от образования новых дюн, построили искусственную авандюну, протянувшуюся вдоль всего стокилометрового морского побережья.

На косе действует одна из первых в мире и старейшая в Европе орнитологическая станция «Фрингилла», расположенная в посёлке Рыбачий. Она была основана немецким теологом и любителем птиц Иоганнесом Тинеманом в 1901 году.

В 1937 году появилось распоряжение о создании государственного природного заповедника «Немецкий лосиный лес». Созданный тогда заповедник включал земли к востоку и юго-востоку от Куршского залива общей площадью 46 550 га. В 1939 году к «Немецкому лосиному лесу» были присоединены лесные округа Куршской косы. В 1941 году заповедные леса были выведены из провинциального подчинения и непосредственно подчинены имперской службе лесного и охотничьего хозяйства. Несмотря на свою короткую историю, работникам этого заповедника удалось достичь небывалых успехов в развитии охотничьего хозяйства и селекции восточно-прусского лося.

До 1945 года жившие на Куршской косе курсениеки говорили на своём собственном куршском наречии, близком к латышскому и литовскому. Для обозначения принадлежности лодок-куренасов к тому или иному рыбацкому поселению использовались специальные вымпелы. Большинство курсениеков были немецкими гражданами. В конце войны они эвакуировались в Германию, в связи с чем Куршская коса лишилась собственного языка. Сейчас куршским наречием владеет несколько десятков пожилых людей, большинство из которых живёт в Германии.

В советское время на Куршской косе проходили съёмки фильма «Остров сокровищ» (1982) и некоторых других. В 2007 году правительство России приняло решение создать на заповедной косе особую экономическую зону туристско-рекреационного типа. Однако пять лет спустя (декабрь 2012) ОЭЗ «Куршская коса» была ликвидирована из-за отсутствия потенциальных инвесторов[3].