Населённый пункт впервые упомянут в Датской поземельной книге 1241 года (Kithæ). Тогда владельцем деревни был влиятельный род Саксо (Saxo), в чьих руках она оставалась до конца XIII века. В XIII веке частью деревни Кийу была также Пирсуаллика (эст. Pirsuallika) — в настоящее время деревня Аллика[1][2].

В источниках 1418 года упоминается Kida (мыза и деревня), 1699 года — Kijenshof, 1794 года — Kiokülla[2].

В 1920-х годах, после земельной реформы, на землях бывшей мызы Кида (Кийу) возникло поселение Кийу, которое в 1977 году объединили с деревней Кийу</ref>[2].

Статус посёлка Кийу получил в 2005 году[2].

Посёлок известен своим замком-башней Кийу, отстроенной в 1517 году бароном Фабианом фон Тизенгаузеном. Эта круглая башня построена из плитняка и напоминает башни старых городских стен Таллина. Башня была отреставрирована в 1973 году[1] и на одном из её верхних этажей было открыто кафе.