Бухта Халонг была местом нескольких военных сражений против прибрежных соседей Вьетнама. Этот лабиринт скал и каналов позволил вьетнамской армии три раза остановить китайских соседей. В 1288 году генерал Чан Хынг Дао остановил монгольские корабли, пытавшиеся плыть по близлежащей реке Батьданг, поставив стальные колья во время прилива и затопив таким образом флот монгольского хана Хубилая.

В конце XVIII века бухта служила убежищем для пиратов, которых китайские и вьетнамские власти не могли уничтожить. С 1810 года они покинули место и поднялись по рекам, преследуемые Британским флотом.

Во время войны во Вьетнаме многие проходы были заминированы флотом США, что даже сегодня по-прежнему представляет собой угрозу. Во время войны против американцев Китайская Народная Республика поддержала правительство Северного Вьетнама, отправив ему корабли, оснащенные зенитными орудиями. Базирующиеся в Халонг, они используются вьетнамским флотом для наблюдения за побережьем и предотвращения возможного вторжения китайцев.