Один из видов Коридора мужчин Тело Джованни Патернити (ум. 1911)

К концу XVI века количество насельников монастыря капуцинов значительно возросло, и возникла необходимость в достойном и вместительном кладбище для братии. Для этой цели была приспособлена крипта под монастырским храмом. В 1599 году здесь был погребён брат Сильвестро из Губбио, а затем сюда были перенесены останки нескольких ранее скончавшихся монахов. В дальнейшем помещение крипты стало тесным, и капуцины постепенно вырыли длинный коридор, в котором вплоть до 1871 года помещались тела умерших монахов.

Благотворители и жертвователи монастыря также выражали желание быть похороненными в Катакомбах. Для их захоронения были вырыты дополнительные коридоры и кубикулы. Вплоть до 1739 года разрешение на погребение в Катакомбах выдавали архиепископы Палермо или руководители ордена капуцинов, затем — настоятели монастыря. В XVIII—XIX веках Катакомбы капуцинов стали престижным кладбищем для духовных лиц, дворянских и буржуазных семей Палермо.

Катакомбы капуцинов были официально закрыты для погребений только в 1882 году. За три века на этом своеобразном кладбище было захоронено около 8 000 жителей Палермо — духовенства, монахов, мирян. После 1880 года по исключительным прошениям в Катакомбах были положены ещё несколько усопших, в том числе вице-консул США Джованни Патернити (1911) и двухлетняя Розалия Ломбардо, нетленные тела которых являются главными достопримечательностями катакомб.