На протяжении веков Кашгар много раз переходил из рук в руки, подпадая под власть Китайских империй, Тюркского каганата, Персидской и Монгольских империй, тибетской теократии.

В I веке до н. э. Кашгар, в числе других государств региона, оказался в зоне интересов китайской империи Хань. Китайские дипломаты называли Кашгар «Шулэ» (疏勒), хотя со времён империи Тан было известно и местное название Цюйша (佉沙, искажённое «Кашгар»). Город располагался в 9350 ли от Чанъани. В нём проживало 1510 семей, 18 647 жителей, из них 2 000 воинов. Китайское посольство: 8 чиновников и 2 переводчика. Экономика: рынки, торговые пути в Среднюю Азию. Выращивали рис, просо, кунжут, пшеницу. Добывали железо, медь, олово, аурипигмент. К Кашгару были посланы 500 китайских солдат из Дуньхуана и контингенты чешисцев, карашарцев и кучанцев. Осада Кашгара была неудачной.

В I веке н. э. Кашгар вырос и насчитывал уже 21 000 семейств и 30 000 войска. В 73 году кучанцы поставили князем Кашгара Доути (兜题). Зимой того же года Бань Чао поставил князем карашарца Чжуна (忠), но тот взбунтовался и был обезглавлен. В 116 год князем стал ставленник юэчжей Чэньпань (臣磐). Вскоре он стал верно служить Хань. В 168 году он был убит на охоте своим родственником Хэдэ (和得). В 170 году 30 500 ханьских и союзных воинов осаждали Кашгар дабы отомстить за убийство Чэнпаня, но не смогли взять его. Впоследствии китайцы занялись своими внутренними делами, а в Кашгаре князья стали часто меняться из-за убийств и переворотов. Князья носили корону с изображением льва. Впоследствии стали данниками Тюркского каганата.

В 465 году кашгарцы прислали ко двору Тоба Цзюаня (крупного покровителя буддизма) «ризу Шакьямуни» — якобы монашескую одежду в 20 локтей, принадлежавшую Будде.

Из летописей империи Тан известно, что в Кашгаре был обычай деформировать черепа младенцам мужского пола. Жители высоки ростом и светлоглазы. Правит рад Пай (裴). В начале VII века князем был Пай Амочжи[zh], женатый на дочери тюркского кагана. Поклоняются духу по имени «Сянь» (祅, искаженное Ормазд). С другой стороны, распространён буддизм. Пользуются индийским письмом.

С 635 года были установлены дипломатические отношения с империей Тан. В 676—678 году Кашгар был ненадолго завоёван Тибетской империей. В 728 году ван Аньдин (安定) был утверждён на троне приказом императора Сюань-цзуна.

В Средние века Кашгар был важнейшим торговым пунктом на Великом шёлковом пути, откуда шли караваны на запад (в Ферганскую долину), юг (Джамму и Кашмир) и север (Урумчи и Турфан). До II в. до н. э. оазисом владели юэчжи, за ними последовали тюрки, карлуки, уйгуры, каракитаи и монголы. В I в. до н. э. — I в. н. э. и в VII—VIII вв. местные князья были данниками китайских империй Хань и Тан. В 1273 г. здесь был проездом Марко Поло, который отметил наличие в городе несторианских церквей.

В конце XIV века удар по благосостоянию оазиса был нанесён нападением Тимура, после которого усилилась исламизация местного населения (в Кашгаре было 17 медресе, 70 школ, 8 караван-сараев[1]).

В 1755 году Кашгар очутился в подданстве Цинской империи. В 1862 году мусульманское население Кашгарии восстало против цинского владычества, а Магомет Якуб бек Бадаулет разместил здесь столицу своих владений, государства Йеттишар. После его смерти оазис вернулся под руку богдыхана. До 1918 года в Кашгаре располагалось почтовое отделение Российской империи (Русская почта в Китае).

После Синьхайской революции административная единица «Кашгарский регион» (喀什噶尔道) была преобразована в Кашгарский административный район.

Последнее восстание кашгарских мусульман против пекинских властей продолжалось с 1928 по 1937 год. В 1933—1934 гг. город Кашгар был столицей Исламской республики Восточного Туркестана, не получившей международного признания. На базе Кашгарского административного района был сформирован столичный округ. В 1937 году восстание было подавлено с помощью СССР.

В 1943 году Кашгарский административный район был разделён на Район № 3 (新疆第三行政区) с центром в Кашгаре и Район № 10 (Яркенд). После образования КНР (1949 г.) были созданы Специальный район Кашгар и Специальный район Яркенд. В октябре 1952 года в составе Специального района Кашгар был создан Городской уезд Кашгар (喀什市). В 1956 году Специальный район Яркенд был расформирован, а его земли вошли в состав Специального района Кашгар. В январе 1971 года Специальный район Кашгар был преобразован в Округ Кашгар.

В 2008 году в городе произошёл террористический акт, в результате которого погибли 16 полицейских. В 2011 году в ходе двухдневного боя с уйгурскими повстанцами погибло 24 человека. В 2012 году на рынке Кашгара уйгурские боевики напали с ножами на китайцев, в результате чего погибли 10 человек.