Буддийская традиция в СССР была полностью уничтожена в 1930-х годах. В конце Великой Отечественной войны в стране начали открываться храмы, церкви, мечети, дацаны. Постановлением Совета народных комиссаров Бурят-Монгольской АССР от 2 мая 1945 года за № 186-ж «Об открытии буддийского храма „Хамбинское Сумэ“ в улусе Средняя Иволга» было разрешено строительство нового дацана. Буддийской общиной начался сбор денег и религиозной утвари. На собранные средства в Иволгинской долине в местности Ошор-Булаг был поставлен деревянный дом, которому придали вид дугана. По легенде место храма указала белая лошадь, сама пришедшая на это место.

Верующие, узнав об открытии храма[1], стали принимать активное участие в строительных работах.

12 декабря 1945 года во главе с гэбши Галсаном Хайдубом была проведена первая открытая служба «Сахюусан хурал». В феврале 1946 года новогодние службы — «Сагаалганай хурал» — прошли с соблюдением всех религиозно-обрядовых канонов. Первый Цогчен-дуган был возведён в 1948 году, с постройкой второго Цогчена ставший Чойра-дуганом факультета философии.

В 1951 году власти официально выделили землю для монастырского комплекса. Были построены жилые дома для лам, хозяйственные и служебные здания. В 1970-е годы возведено большинство храмов[1]дацана. В 1970 году построен второй восьмистенный Цогчен-дуган, с возведением в 1976 году третьего (современного) соборного храма[1], преобразованный в Деважин Сумэ.

В 1991 году при дацане создан Буддийский университет «Даши Чойнхорлин им. Дамба Даржа Заяева».

Осенью 2002 года Иволгинский дацан обрёл нетленное тело Хамбо-ламы Итигэлова. В январе 2003 года принято решение о возведении Дворца-храма[1]для хранения священной реликвии. Храм[1]строился по проекту несохранившегося Дэважин-дугана Янгажинского дацана, спроектированного и построенного самим Итигэловым ещё в 1906 году. 31 октября 2008 года был проведён обряд освящения Благословенного Дворца Хамбо-ламы Итигэлова. Нетленное тело Учителя было торжественно препровождено в храм[1].

В настоящее время в дацане проводятся службы-хуралы, посвящённые важнейшим событиям буддийской истории, ежедневные ритуалы в честь защитников и хранителей учения — Сахюусанов и другие обряды, помогающие и защищающие верующих от различных негативных сил.