В XVI веке, в период испанского владычества, католические миссионеры монашеских орденов францисканцев, доминиканцев, иезуитов прибывали в Южную Америку, чтобы проповедовать христианство среди индейских народов. Проживавшие на территории нынешней Боливии индейские племена кечуа и аймара были обращены в католицизм сравнительно быстро и католические миссионеры направили свои усилия вглубь страны. Боливийская провинция Чикитос стала одним из центров миссионерских центров францисканцев и иезуитов. Францисканцы вели свою работу среди народа чиригуано, иезуиты — среди индейцев мохо и чикито. Миссионеры использовали особенный метод проповедования, собирая детей кочевых индейских народов в крупные общины, чтобы преподавать им испанский язык и христианство. Несмотря на то, что часто применялся метод навязывания европейских культурных ценностей, миссионеры старались сохранять привычный для индейцев образ жизни и их обычаи. В 1566 году группа иезуитов получила разрешение испанского короля Филиппа II заниматься миссионерской деятельностью на территории вице-королевства в Перу. В 1569 году иезуиты впервые появились в Лиме и в 1572 году они достигли территории нынешней Боливии. В первое время им не разрешали устраивать миссионерские центры в глубине страны, поэтому они стали строить церкви и школы в приграничных городах Ла-Пас, Потоси и Ла-Плата (сегодня — Сукре). В 1587 году первые иезуиты прибыли на место, где они организовали поселение Сан-Хосе-де-Чикитос. К середине XVIII века миссия в провинции Чикуатос достигла своего расцвета. Было создано 22 поселения, в которых насчитывалось 45 миссионеров и около 60 тысяч новообращённых католиков из числа индейцев[1].

Миссии были созданы в три этапа: первый этап ознаменовался созданием миссий Сан-Хавьер (1691 год), Сан-Рафаэль (1696 год), Сан-Хосе-де-Чикитас (1698 год), Сан-Хуан Батиста (1699 год). С 1701-й по 1714 год борьба за испанский престол привела к резкому сокращению желающих поехать на миссию в Южную Америку, поэтому миссии испытывали значительное материальное затруднение. В этот период в Боливии не основывались новые миссии. В 1721 году была основана новая миссия Сан-Мигель. Третий этап строительства новых миссионерских центров начался в 1748 году после того, как были основаны миссии Сан-Игнасио и Сан-Игнасио де Веласко. В 1754 году иезуиты основали Сантьяго-де-Чикитас. В 1755 году была основана миссия Санта-Анна и последняя миссия Санто-Корасон была основана в 1760 году. Провинция Чикитас была промежуточным пунктом в дальнейшем продвижении иезуитов на восток, поэтому миссионерские центры в Боливии постепенно продвигались в сторону реки Парагвай.

В 1750 году земли, расположенные возле реки Риу-Гранди-ду-Сул были переданы Португалии, что привело к восстанию индейцев гуарани. Поскольку иезуиты поддержали это восстание, в 1758 году они были обвинены в заговоре против португальского короля. Все члены монашеского ордена иезуитов были выселены с португальских территорий. 27.02.1767 года испанский король Карл III также подписал указ о выдворении иезуитов с испанских колоний. В сентябре 1767 году иезуиты должны были покинуть также и провинцию Чикитас. Архиепископ города Санта-Крус-де-ла-Сьерра передал все миссии, преобразовав их в приходы, под управление приходским священникам, которые должны были заниматься административными и духовными потребностями миссий. На практике приходские священники слабо знали местные языки и обычаи индейцев, что привело к постепенному затуханию миссий. К середине 19-го века население основанных иезуитами городов сменило свой состав, в них стали преобладать приезжие метисы. В конце 19 -го века экономическая ситуация в Боливии вынудила жителей, проживавших на территории иезуитских миссий, эмигрировать в другие части Боливии и поселения значительно опустели. В 1931 году духовное управление миссиями было передано францисканцам. В 1972 году иезуит Ганс Рота начал широкомасштабное восстановление церквей и колониальных зданий миссий, которое продолжалось до начала XXI века. В 1990 году шесть миссий иезуитов в Чикитос были внесены во Всемирный список ЮНЕСКО как исторический памятник сочетания европейской христианской культовой архитектуры и местной индейской культуры.