В 1989 году президент Валенсии Жуан Лерма принял идею, которую предложил Хосе Мария Лопес Пайнро — профессор истории наук университета Валенсии, построить научный музей в парке старого русла реки Турия. Лерма поручил разработать проект музея команде, которая проектировала и строила на подобных пространствах с аналогичными характеристиками в Мюнхене, Канаде и Лондоне. Архитектура музейного комплекса должна быть исключительной.

«Город науки» — название, которое автономное правительство присвоило проекту. План включал 370-метровую башню связи, которая была бы на третьем месте в мире; планетарий и музей науки. Общая стоимость работ оценивалась примерно в 25 млрд песет или около 150 млн евро.

Проект «Города науки» тем не менее вызывал множество разногласий. Народная партия видела в «Городе науки» «работы фараонов», который, по их мнению, послужит увеличению эго социалистов, которые были инициаторами проекта. Башня связи была главным объектом критики. Тем не менее, работа продолжалась.

В мае 1991 года совет одобрил передачу земель. Четыре месяца спустя был представлен проект, разработанный Сантьяго Калатрава.

Видение музея командой, которая разработала его, не сочеталась с формой, в которой Сантьяго Калатрава задумал здание. Таким образом, были внесены некоторые изменения.

В апреле 1998 года открыло свои двери для публики первое здание комплекса: L’Hemisfèric.
Одиннадцать месяцев спустя президент Валенсии Эдуардо Заплана торжественно открыл Музей науки и техники принца Филиппа, хотя строительство в этот момент ещё не было завершено. Музей был открыт для публики двадцатью месяцами позже.
12 декабря 2002 года состоялось открытие L’Oceanographic (самый большой аквариум в Европе).
Наконец, 8 октября 2005 года был открыт дворец искусств королевы Софии, который стал оперным театром Валенсии.