Гиссарская долина известна по историческим источникам как территория, по городам которой пролегала караванная торговая дорога Великий шёлковый путь. До арабского нашествия на данной территории существовали государственные образования Ахарун и Шуман.

Это место упоминается как «Шумон» в зороастрийской священной книге «Авеста»[источник не указан 401 день]. В XI веке слово «Хисар» («Гиссар») впервые было записано как название села, района или административной единицы[1].

Во времена владычества Арабского халифата местное население приняло ислам. В IX—X веках он входил в состав Саманидского государства. В XI-начале XIX веков город был в составе тюрко-монгольских государственных образований, а в XIX-начале XX веков — в составе Бухарского эмирата. В Гиссаре сохранились медресе (ныне музей) и развалины Гиссарской крепости.

В 1929 году кишлак Ханака, который был центром Гиссарского района получил название Гиссар[2][3].

В 1953 году кишлак Гиссар получил статус посёлка городского типа[4].