Нектанеб I воздвиг на южной оконечности острова храм в честь богини Хатхор. Его почин поддержали Птолемеи и первые римские правители Египта. За двойными пропилеями высились гранитные львы, каменные клетки для священных ястребов[1] и два тринадцатиметровых обелиска. На стенах храма были высечены рельефы со сценами из жизни Осириса. Храм в Филе — исключительное по полноте свидетельство эволюции традиций древнеегипетского искусства в период эллинизма.

Храм в Филах просуществовал до времён Юстиниана — едва ли не последнее языческое святилище на землях Византии. Связано это было с тем, что его считали посвящённым Исиде, которая в поздней античности отождествлялась с Кипридой и сближалась с Богородицей.

Блеммии с нагорий Красного моря посещали египетский храм Исиды вопреки указу Феодосия I о закрытии всех египетских храмов (392 год). В 535—537 годах император Юстиниан повелел закрыть храм, схватить жрецов, а статуи доставить в Константинополь. Египетский храм посвятили Святому Стефану, позже возвели ряд церквей[2]. Рельефы систематически уничтожались христианскими монахами и радикальными иконоборцами.

 

В XVIII и XIX веках египетские древности исследовались французскими (во время похода Наполеона в Египет) и английскими учеными. Так, обелиск с острова Филы с двуязычной надписью греческими буквами и египетскими иероглифами был обнаружен английским египтологом У. Дж. Бэнксом, и его расшифровка в египетской записи имён Птолемея и Клеопатры, подтверждённая в дальнейшем Томасом Юнгом и Жаном-Франсуа Шампольоном, помогла Шампольону в понимании всего комплекса египетского иероглифического письма. Сам же обелиск, как и многочисленные другие памятники Древнего Египта, оказался вывезен в Европу — он пополнил египетскую коллекцию Бэнкса в его родовом поместье в Кингстон-Лейси (англ. Kingston Lacy), которое находится под опекой Национального фонда объектов исторического интереса либо природной красоты Великобритании и доступно для посещения публикой.

В XX веке перед учёным сообществом встала проблема сохранения эллинистического наследия Филе ввиду угрозы затопления острова водами водохранилища Насер после сооружения Асуанской плотины. Уже первая дамба, сооружённая в 1902 году англичанами, подтопила часть острова, что нанесло невосполнимый урон памятнику — была утрачена полихромия рельефов, разрушены некоторые части сооружений. При сооружении Асуанского водохранилища (1960) ЮНЕСКО выступило с инициативой о переносе храма на Элефантину. Памятник был тщательно обмерян и сфотографирован, после чего каменные блоки были перевезены и вновь собраны на острове Агилкия[en], расположенном в 500 метрах вверх по течению.