Город, в настоящее время известный как «La Colina Iluminada de los Andes» («Освещенный холм Анд»), является вторым старейшим муниципалитетом в департаменте. В доколумбовые времена территория, на которой расположена современная Филандия, была занята коренными народами племени кимбайя, которые не только занимались сельским хозяйством, но и были известны своими металлоконструкциями, особенно в золоте и тамбаге, сплаве золота и меди. Имя Филандия происходит от «Филиа» (дочь), «Андиа» (Анды); Филандия, дочь Анд.

Фелипе Мелендес, Элисео Буитраго и другие 20 августа 1878 года основали Филандию как поселение колумбийцев.

В первые годы 20-го века Филандия была процветающим сообществом — торговля и промышленность выросли до такой степени, что к 1900 году в Филандии насчитывалось 250 000 кустов кофе. В ответ на увеличение производства кофе было создано много перерабатывающих заводов, и родилась культура кофе, теперь синонимичная городу.

Однако к 1930 году Филандия пришла в упадок. Дорога, которую использовали первые поселенцы для заселения города, утратила свое значение из-за строительства автомагистрали на востоке, соединяющей столицу Рисаральда и столицу Киндио, изолирующей город и обеспечивающей более прямой альтернативный маршрут для товаров и услуг, которые ранее были обязаны пройти через Филандию.