Архипелаг был открыт в 1501 или 1502 году португальской экспедицией Лемуша либо Коэлью, в которой принимал участие Америго Веспуччи, а назван был в честь одного из спонсоров экспедиции — богатого еврея Фернанду де Нороньи. На острове долгое время находилась тюрьма, куда на кораблях привозили преступников из материковой части Бразилии.[1] Во время Второй Мировой войны на этом архипелаге расположилась американская военная база, которая после неё и вплоть до 1987 года находилась в собственности бразильских вооруженных сил. В годы войны на территории главного острова также появился аэропорт, который действует по сей день.[2]