Город был основан древними лузитанами и поначалу назывался Эборой. В 80—72 гг. до н. э. служил резиденцией мятежного полководца Сертория. В ознаменование привилегий, дарованных городу Цезарем, он был переименован в Liberalitas Julia. С V века упоминаются местные епископы.

В 712 г. Эвора была завоёвана маврами, которые называли её Жабурой. Для освобождения Эворы первый португальский король основал Ависский орден рыцарей, в распоряжение которого Эвора и была передана после её освобождения от мавров в 1166 году.

В XV и особенно XVI веках, при монархах Ависской династии, Эвора часто служила местом пребывания королевского двора. Это время считается её золотым веком. В 1663—1665 гг. оккупирована испанцами. В 1559—1759 гг. в городе работал университет.

В XVIII веке политическое и экономическое значение Эворы упало. Самым знаменательным событием XIX века была состоявшаяся здесь в 1832 году капитуляция короля Мигеля, завершившая период гражданских войн в Португалии.