В XIX веке в окрестностях Джубы располагались торговый пост и миссия под названием Гондокоро.

Британские намерения объединить южную часть Судана с Угандой потерпели крах, когда в 1947 году в Джубе было подписано соглашение об объединении северного и южного Судана. В 1955 году за мятежом, поднятым в городе солдатами с юга, последовала Первая Суданская гражданская война, закончившаяся только в 1972 году.

В 1977 году в городе был открыт университет. Во время Второй Суданской гражданской войны Джуба находилась в центре военных событий.

В 2005 году Джуба была передана Народной армии освобождения Судана.

После провозглашения независимости страны появилась информация, что столица Южного Судана может быть перенесена и построена в другом месте[1]. 4 сентября 2011 года правительство Южного Судана решило перенести столицу из Джубы в город Рамсель в 240 км к северу, поскольку власти штата Центральная Экватория, на территории которого находится Джуба, отказали центральным властям в выделении необходимого количества земли под постройку новых государственных зданий, переезд может занять около шести лет, так как в Рамселе предстоит построить многочисленные правительственные объекты[2].