Самые старые укрепления на месте современной крепости были построены первым правителем Алеппо из династии Хамданидов по имени Сайф ад-Даула. Строительство заняло 13 лет и длилось с 944 по 957 гг. н. э.

В первом десятилетии XIII века цитадель превратилась в богатейший город. Внутри были расположены дворцы и бани, мечети и усыпальницы, арсенал и площади для тренировки солдат, цистерны с водой и амбары для хранения зерна.

В 1259 году Алеппо подвергся нападению монголов, которые сильно повредили стены и здания цитадели. В 1300 году они вернулись вновь, а в 1400 году Тамерлан (по легенде) сумел сломить сопротивление защитников крепости, заполнив ров телами своих погибших воинов.

В 1516 году Алеппо захвачен Оттоманской империей. Впоследствии военная роль цитадели постепенно уменьшалась, и город стал расширяться за пределы крепостных стен.

В 1828 году крепость серьёзно повреждена от сильного землетрясения. Последствия были столь плачевны, что восстановительные работы ведутся и по сей день.

В 1986 году цитадель Алеппо была занесена в список Всемирного наследия ЮНЕСКО в рамках объекта «Старый город Алеппо» (англ. Ancient City of Aleppo), вместе в Большой мечетью, дворцами, банями в центре города.

В 2023 году цитадель Алеппо получила повреждения в результате землетрясения в Турции и Сирии.