Чарынский каньон — памятник природы, сложенный из осадочных пород, возраст которых составляет около 12 миллионов лет. Высота отвесных гор каньона достигает 150—300 м.

По версии профессора П. И. Мариковского каньон формировался около 25 млн лет назад в третичный период, когда на этом месте было большое озеро. Склоны образованы как в результате процессов разрушения пород (денудации), так и в результате осаждения пород (мергели — белые известковые породы).