Первая крепость на месте существующей была построена ещё во времена Римской империи. Окружающие Белоградчикские скалы служили естественной защитой, поэтому стены нужно было строить только с северо-запада и юго-востока.

Первоначально Белоградчик служил лишь пунктом наблюдения. В XIV веке царь Иван Срацимир расширил крепость, достроив несколько башен и стен перед массивами скал. При его правлении крепость Белоградчик стала важнейшей цитаделью Болгарии, уступая по размерам и важности только крепости Баба Вида в тогдашней болгарской столице.

В 1396 году турки взяли крепость, после чего не только отстроили её заново, но и усилили гарнизон для подавления восстаний. В начале XIX века крепость вновь была перестроена турками, на этот раз под руководством французских и итальянских специалистов, с добавлением элементов турецкой и западноевропейской архитектуры.

В 1850 году крепость сыграла важную роль при подавлении антитурецкого восстания, а последний раз использовалась в 1885 году в сербско-болгарской войне. В XX веке Белоградчик был музеифицирован.