Впервые Беллинцона упоминается в 590 году как стратегический пункт на пути к перевалу Сен-Готтард и Сан Бернардино. С 1242 года город принадлежал миланским правителям. В XII—XIV веках в городе, благодаря его расположению на важном торговом пути, процветала торговля. Во второй половине XIV столетия поперёк долины реки Тичино миланскими герцогами Висконти была выстроена длинная стена, что позволило Милану защищать торговые пути и взимать налог за проезд к перевалу Сен-Готтард. После смерти в 1402 году герцога Джан Галеаццо Висконти город несколько раз менял владельцев, борьбу за право обладания стратегически важным объектом на торговом пути вели герцоги Милана и Турина. Военные действия прекратились только после прихода к власти миланского герцога Сфорца. Однако в 1478 году мир снова был нарушен нападением со стороны швейцарцев. После этого миланскими правителями была произведена реконструкция и усиление укреплений двух замков, призванных защищать город, а на месте башни, построенной за 200 лет до этого, возведён замок Сассо Корбаро.

В 1499 году период миланского правления закончился с завоеванием Милана французским королём Людовиком XII. Он захватил Беллинцону, в которой разместил королевские войска численностью 1000 человек. Зимой 1499—1500 гг. в результате вооруженного восстания граждан города французская армия была изгнана и 14 апреля 1500 года Беллинцона присоединилась к Швейцарской Конфедерации[1].

В 1803 году Беллинцона стала частью независимого кантона Тичино, включая упразднённые кантоны Беллинцона и Лугано, и до 1814 года была его столицей. С этой даты до 1878 года столицей кантона по очереди были Беллинцона, Лугано и Локарно, сменяясь через каждые 6 лет.