Город основан в 1350 королём Раматхибоди I (У Тхонгом) и стал его столицей после поражения, которое потерпел Сукотаи.

Король перенёс столицу сюда, чтобы избежать эпидемии в Лопбури. Возникло королевство Аютия. Город получил название, соответствующее городу Айодхья в Индии — место рождения Рамы в соответствии с эпосом «Рамаяна».

За это время в Аютайи правило 35 королей. Этот период известен в истории Сиама как Аютийский период.

Руины старого города находятся на территории Исторического парка Аютайя, включённого ЮНЕСКО в список объектов Всемирного наследия. Новый город был построен в нескольких километрах к востоку от разрушенного.

Во время расцвета в Аютайе было три королевских дворца, 375 храмов, 29 укреплённых фортов, число городских ворот составляло 94. В городе проживало более миллиона человек, было немало иностранцев — французов, португальцев, японцев, голландцев, англичан. В городе стояли церкви, с XVII века сохранился собор Св. Иосифа.

Государство Аютия вело торговлю по всему миру — с Китаем, Явой, Малайзией, Индией, Японией, Европой. Процветали искусство, литература, архитектура.

Королевство Аютия просуществовало до 1767 года, до этого город выдержал несколько осад, но в 1767 году он был полностью разрушен бирманцами. Король Таксин не стал восстанавливать Аютайю и перенёс столицу в Тхонбури, а позже Рама I перенёс её в Бангкок. Аютайя так и не смогла оправиться от разгрома.