Conform legendei, un pescar numit Aldrich a avut o viziune a Sfântului Petru în apropiere de Tamisa. Între anii 960-970, Sfântul Dunstan, episcopul de Londra, a stabilit o mică abație benedictină în această zonă. Abația, dedicată Sfântului Petru, a fost reconstruită în anul 1042 de către regele Eduard Confesorul, considerat a fi adevăratul fondator al abației, ce își dorea o biserică pentru înmormântarea sa și a succesorilor săi. Biserica a fost sfințită pe data de 28 decembrie 1065, la o săptămână înainte de moartea lui Eduard, dar ea a fost complet finalizată în anul 1090. Pe data de 25 decembrie 1066, aici a avut loc încoronarea lui William Cuceritorul ca rege al Angliei marcând începutul dominației normande. În această perioadă numărul călugărilor din incinta abației a crescut considerabil.

Construcția actualei abații a început sub patronajul regelui Henric al III-lea. Cu toate acestea, biserica în stil gotic a fost finalizată abia în anul 1517.

Abatele de la Westminster era unul dintre cei mai influenți oameni din perioada Angliei medievale. Acest lucru se datora faptului că abația condusă de el era locul unde erau încoronați și înmormântați monarhii, cât și locul unde aveau loc nunțile lor sau cele ale unor nobili importanți. De asemenea, abația se învecina cu Palatul Westminster, abatele având o influență asupra deciziilor luate acolo sau chiar intervenind în discuți în unele cazuri.

Abația s-a îmbogățit nespus de mult pe urma pelerinajelor și a darurilor. Oamenii veneau aici să se închine și să vadă locul unde Aldrich a avut viziunea cu Sfântul Petru. Exista o tradiție ca pescarii să vină să aducă pește din Tamisa călugărilor de la abație. Se spune că abația era cea mai bogată din Anglia, a doua fiind Abația Glastonbury.

Inițial romano-catolică, abația Westminster a devenit în anul 1535 anglicană în urma desființării mănăstirilor din Anglia. Atunci călugării au fost alungați, abația desființată (rămânând doar cu numele) și veniturile ei uriașe au fost confiscate de către stat.

În anul 1540 fosta abație a devenit catedrala Londrei pentru o scurtă perioadă de timp însă, până în anul 1550, când sediul episcopal s-a mutat la Saint Paul. În timpul domniei reginei Maria I (1553-1558) a avut loc o încercare de restaurare a catolicismului în Anglia în urma căreia benedictinii au fost readuși la Westminster, până în 1559, când regina Elisabeta I i-a alungat din nou.

În anul 1560 regina Elisabeta a acordat abației titlul de biserică regală, independentă de episcopie și supusă direct suveranului. În același timp a devenit biserică colegială, fiind întemeiată aici o renumită universitate. Biserica a suferit numeroase daune în timpul Revoluției engleze, mai ales în anul 1640, când puritanii iconoclaști au distrus unele dintre statuile și mormintele regilor.

Între anii 1722-1745 arhitectul Nicholas Hawksmoor a reconstruit cele două turnuri gotice înalte de 68 de metri. Până în secolul al XIX-lea abația Westminster a fost unul din cele trei mari centre de învățământ britanic alături de Oxford și Cambridge. Datorită acestui fapt la Westminster a fost tradusă în limba engleză prima treime a Vechiului Testament și ultima jumătate a Noului Testament din celebra King James Bible. New English Bible a fost de asemenea tradusă aici.

Printre cele mai importante evenimente contemporane ce au avut loc în catedrală se numără: înmormântarea prințesei Diana pe 6 septembrie 1997, vizita Papei Benedict al XVI-lea pe 17 septembrie 2010, căsătoria Ducelui și Ducesei de Cambridge pe 29 aprilie 2011 și funerariile reginei Elisabeta a II-a pe 19 septembrie 2022.