Samarkand a fost cunoscut de vechii greci sub denumirea de "Marakanda" cu 1400 de ani i.e.n., renumit fiind pentru câmpia roditoare "Zarashon" numită de greci "Polytimetos". A fost întemeiat de perși, având o pondere economică importantă în provincia Ahemenid. Înflorirea economică a orașului se datorează așezării geografice favorabilă comerțului (situat la nord de drumul comercial "Drumul Mătăsii"). În anul 329 î.Hr cetatea este cucerită de Alexandru cel Mare.

Sub stăpânirea musulmană dezvoltarea orașului este rapidă, mai ales sub domnia persană a dinastiei Samanizilor. Mongolii sub conducerea lui Ginghis Han distrug orasul în anul 1220. Sub domnia hanului mongol Timur Lenk, Samarkand devine capitala imperiului acestuia. În anul 1868, sub administrație rusească, orașul va fi integrat în Turkistan. În 1925 orașul devine capitala Uzbekistanului, capitala fiind mutată mai târziu (1930) la Tașkent.