Palatul Pagaruyung original a fost construit pe Dealul Batu Patah și a fost incendiat în timpul unei revolte în Războiul Padri din 1804. Palatul a fost reconstruit, dar a ars din nou în 1966. Clădirea a fost apoi reconstruită din nou în 1976 ca replică a palatului Pagaruyung original. A fost construită după suprimarea mișcării Guvernului revoluționar din Republica Indonezia (PRRI) în 1958, care a avut sediul în Sumatra de Vest. Guvernatorul din Sumatra de Vest, Harun Zen, a inițiat construirea Istano Basa Pagaruyung în 1976, ca intenția de a reînvia mândria stindardului comunității Minang după suprimare.[1] Restaurarea palatului a luat sfârșit prin ridicarea tunggak tuo (coloane principale) la 27 decembrie 1976 de către guvernatorul Sumatrei de Vest, Harun Zain. După finalizare, palatul a devenit cunoscut publicului ca muzeu și atracție turistică. Această clădire nu a fost construită pe locul inițial, ci a fost mutată mai spre sud.

Palatul a fost distrus de un incendiu în seara de 27 februarie 2007, după ce acoperișul a fost lovit de fulgere.[2] S-a estimat că doar 15% din artefactele valoroase au supraviețuit incendiului. Astăzi artefactele care au supraviețuit sunt depozitate în Balai Benda Purbakala Kabupaten Tanah Datar (Autoritatea de Arheologie din Regiunea Tanah Datar). Pusaka sau moștenirea Regatului Pagaruyung a fost depozitată în Palatul Silinduang Bulan, situat la aproximativ 2 kilometri de Palatul Pagaruyung.[3] Restaurarea clădirii a durat șase ani și a costat 20 de miliarde de rupi indoneziene (1,71 milioane de dolari). Clădirea a fost finalizată și inaugurată de președintele indonezian, Susilo Bambang Yudhoyono, în octombrie 2013.[4][5]