Fenicienii au fondat orașul "Malaka" aici, în jurul anului 1000 î.Hr. Acest nume provine probabil din cuvântul fenician pentru "sare", deoarece peștele era sărat în apropiere de port; în alte limbi semitice, cuvântul "sare" încă se traduce, în ebraică מלח "mélaḥ" sau în arabă ملح "milḥ".

Șapte secole mai târziu, romanii au cucerit acest oraș împreună cu alte zone spaniole de la Cartagina din Africa. Începând cu secolul al V-lea d.Hr. s-a aflat sub stăpânirea vizigoților.

În secolul al VIII-lea, Spania a fost cucerită de mauri, iar orașul a devenit un important centru comercial. Inițial, Málaga a aparținut de Califatul de Cordoba. După căderea dinastiei umayyazilor, a devenit capitala unui regat separat, dependent însă de Granada. În această perioadă, orașul a purtat numele de "Mālaqah" (arabă مالقة).

La sfârșitul Reconquistei, recucerirea Spaniei, Málaga a redevenit creștină, în 1487.

Orașul a fost puternic bombardat de forțele aeriene italiene și franciste în timpul războiului civil spaniol în 1936. Turismul de pe Costa del Sol din apropiere a impulsionat economia orașului în anii 1960.