Killke au ocupat regiunea din 900 până în 1200 d.Hr, înaintea sosirii incașilor în 1200. Arheologii au descoperit pe 13 martie 2008 ruinele unui templu străvechi, cu drumuri și sistem de irigare la Sacsayhuaman, o faimoasă fortăreață lângă capitala incașilor Cuzco. Datarea cu carbon radioactiv a Sacsayhuaman-ului a arătat că cultura killke a construit fortăreața în anul 1100. În 2007, săpăturile au dezvăluit un alt templu la marginea fortăreței, indicându-i întrebuințarea religioasă cât și cea militară. Cuzco a fost capitala imperiului Incaș. Orașul era împărțit în două sectoare : urin și hanan, care erau și ele la rândul lor împărțite în alte două sectoare, Chinchasuyu (NW), Antisuyu (NE), Qontisuyu (SW), și Collasuyu (SE). Un drum ducea din fiecare sfert al orașului în partea corespunzătoare a imperiului. Fiecare lider local trebuia sa construiască o casă în oraș și să locuiască o parte din an în Cuzco, dar numai în partea care corespundea cu partea imperiului pe care o stăpânea.

După legenda incașă, orașul a fost construit de către Sapa Inca Pachacuti, omul care a transformat orașul-stat Cuzco în mărețul imperiu Tahuantinsuyu. Dovezile arheologice indică o creștere mai lentă a orașului încă dinainte ca Pachauti să ajungă la putere. A existat, însă, un plan al orașului, și două râuri au fost canalizate în jurul orașului.