Această piramidă colosală a fost construită de către conducătorii dinastiei Sailendra, între anii 750 și 850. Istoria templului este controversată, datele exacte fiind foarte puține, dar potrivit tradițiilor, primul arhitect a fost Gunadharma. Recent s-a stabilit că Borobudur nu este un palat regal, așa cum se credea la început, ci un loc de venerație pentru budiști. Încheiată la 26 mai în anul 824, construcția a fost ridicata de Regele Samaratunga și fiica sa Pramodawarddhani. Borobudur reprezinta de fapt un altar în care sălășuia Buddha. Dovezile se bazează mai ales pe inscripțiile în piatră, găsite la reședința Kedu, pe o lespede cunoscută sub numele de Kayumwungan sau Karangtengah. Când a fost pentru prima dată tradusă în limba olandeză în anul 1950, de către profesorul Casparis, mai mulți experți și-au exprimat îndoiala cu privire la înțelesul acestei inscripții și nu au considerat-o o dovadă concludentă. Până în ziua de azi, marea majoritate a concluziilor s-au bazat pe seama reliefurilor sculptate pe pereții templului.

După calculele specialiștilor, forța de muncă pentru construirea templului a fost imensă pentru a putea ridica și transporta cele două milioane de blocuri de piatră cu un volum de 60 de mii de metri cubi, greutatea totală fiind de aproximativ 3,5 milioane de tone.

După declinul budist și schimbările de guvernare în Java, Borobudur a fost abandonat, la puțin timp după construire, și secole la rând a fost uitat sub straturi de cenușă vulcanică, provenite de la Vulcanul Merapi. Legendele mai spun că regiunea unde se află templul a fost abandonată de către localnici de frica furiei vulcanului. De abia în 1814, pe când Sir Thomas Stamford Raffles guverna Java, templul a fost curățat, impunându-se din nou prin valoarea s-a monumentală.