As ilhas foram descobertas em 1520 pelo navegador português João Álvares Fagundes que as batizou como "ilhas das Onze Mil Virgens". No entanto, o rei designa-as por "ilhas Verdes". São Pedro e Miquelão tornou-se uma possessão francesa em 1536, quando foram reclamadas por Jacques Cartier em nome do rei da França.[1] Embora já tenham sido frequentadas pelos povos Micmac[2] e por pescadores bascos e bretões,[1] as ilhas não foram permanentemente habitadas até o final do século XVII: quatro habitantes permanentes foram contados em 1670 e 22 em 1691.[1]

Em 1670, durante o mandato de Jean Talon como intendente da Nova França, um oficial francês anexou as ilhas quando encontrou uma dúzia de pescadores franceses acampados lá. A Marinha Real Britânica logo começou a assediar os franceses, saqueando seus acampamentos e navios.[2] No início dos anos 1700, as ilhas foram novamente desabitadas e foram cedidas aos britânicos pelo Tratado de Utrecht, que encerrou a Guerra da Sucessão Espanhola em 1713.[2]

Nos termos do Tratado de Paris de 1763, que pôs fim à Guerra dos Sete Anos, a França cedeu todas as suas possessões situadas na América do Norte, mas São Pedro e Miquelão foram devolvidos à França. A França também manteve direitos de pesca nas costas de Terra Nova.[3]

 São Pedro, Le Quai La Roncière, 1887

Com a França aliada aos estadunidenses durante a Guerra de Independência dos Estados Unidos, o Reino Unido invadiu e arrasou a colônia em 1778, enviando toda a população de 2 mil pessoas para a França.[4] Em 1793, os britânicos desembarcaram em São Pedro e, no ano seguinte, expulsaram a população francesa e tentaram instalar colonos britânicos.[2] A colônia britânica foi, por sua vez, saqueada pelas tropas francesas em 1796. O Tratado de Amiens de 1802 devolveu as ilhas à França, mas o Reino Unido reocupou-as quando as hostilidades recomeçaram no ano seguinte.[2]

O Tratado de Paris de 1814, devolveu o território à França, embora a Grã-Bretanha os ocupasse novamente durante a Guerra dos Cem Dias. A França então reivindicou as ilhas que na época estavam desabitadas e com todas as estruturas e edifícios destruídos ou em condições precárias.[2] As ilhas foram reassentadas em 1816. Os colonos eram principalmente bascos, bretões, normandos, que se juntaram com vários outros elementos, particularmente da ilha vizinha de Terra Nova.[1] Somente em meados do século, o aumento da pesca trouxe uma certa prosperidade para a pequena colônia.[2]

 São Pedro em 1921

Durante o início da década de 1910, a colônia sofreu severamente com o resultado de pescas não lucrativas, e um grande número de pessoas emigraram para Nova Escócia e Quebec.[5] O projeto imposto a todos os habitantes do sexo masculino com idade de recrutamento após o início da Primeira Guerra Mundial prejudicou as pescas, que não podiam ser processadas pelas pessoas mais velhas e pelas mulheres e crianças.[5] Cerca de 400 homens da colônia serviram no exército francês durante a Primeira Guerra Mundial, dos quais 25% morreram.[6] O aumento da adoção de arrastões a vapor nas pescarias também contribuiu para a redução das oportunidades de emprego.[5]

O contrabando sempre foi uma atividade econômica importante nas ilhas, mas tornou-se especialmente proeminente na década de 1920 com a instituição da Lei seca nos Estados Unidos.[6] Em 1931, o arquipélago teria importado 6 871 550 litros de uísque do Canadá em 12 meses, a maior parte para ser contrabandeada para os Estados Unidos.[7] O fim da proibição em 1933 mergulhou o território na depressão econômica.[8]

Durante a Segunda Guerra Mundial, apesar da oposição do Canadá, da Grã-Bretanha e dos Estados Unidos, Charles de Gaulle tomou o arquipélago da França de Vichy, ao qual o governo local havia prometeu sua fidelidade. Em um referendo no dia seguinte, a população aprovou a mudança de controle para a França Livre.[9]

O arquipélago tornou-se um território de ultramar em 1946. Após o referendo constitucional francês de 1958, as ilhas tiveram a opção de se integrar plenamente à França, tornar-se um estado autônomo na Comunidade Francesa ou preservar o estatuto de território ultramarino; decidiram permanecer como um território.[10] Em 1976, as ilhas se transformaram em um departamento de ultramar, antes de se tornar uma coletividade territorial em 1985, com um estatuto especial. Desde março de 2003, São Pedro e Miquelão são uma coletividade de ultramar.[11]