Há cerca de dez milênios, grupos de caçadores e coletores habitavam os ambientes costeiros do parque, beneficiando-se de seus variados recursos como aves, roedores, camélidos, moluscos e lobos marinhos. Os grupos tehuelches, descendentes dos primeiros povoadores, ampliaram o uso do território, desenvolvendo um maior intercâmbio com grupos mais afastados.

A chegada do homem branco foi motivo de grandes modificações nos costumes das populações originais. A paulatina dependência de produtos de intercâmbio e a perda de território provocou a migração para o oeste da província, e a incorporação de atividades rurais ao modo de vida dessas populações.

Em princípios de 1876, durante a presidência de Nicolás Avellaneda e apesar dos litigios com a vizinha República do Chile, outorgaram-se autorizações para a exploração de guano em um lugar localizado a 35 km ao sul do rio Santa Cruz, em cuja ilha Pavón, desde 1859, se havia instalado o comandante argentino Luis Piedrabuena. Assim, foi criado ali um casario que abrigaria visitantes.

O perito Francisco P. Moreno (impulsor do sistema de parques nacionais de Argentina) visitou a área em fins do século XIX, como assim também fá-lo-iam Carlos Ameghino e o pai Alberto De Agostini.

A Estância Monte León pertenceu à companhia The Southern Patagonia Sheep Farming Company Limited. Essa grande empresa de exploração ovina foi vendida, em 1920, à família Braun, que continuaram com essa atividade até 2006. A extração de guano foi importante até 1930.[1]

Em 1996 propõe-se a inclusão de Monte León no Sistema de Parques Nacionais da Argentina. Francisco Erize, ex-diretor da Administração Nacional de Parques da Argentina, recomendou o projeto a Douglas Tompkins, um conservacionsta multimilionário estadounidense, diretor da ONG conservacionista The Conservation Land Trust.

No ano 2000, através da ONG Conservação Patagônica — dirigida por sua esposa, Kristine Tompkins— foram adquiridas as terras, até esse momento destinadas à criança de ovinos, e repassadas à Fundação Vida Silvestre Argentina, com a imposição de que o título de propriedade das mesmas fosse transferido à Administração Nacional de Parques Nacionais do país, de forma que o destino final da área seria integrar o sistema federal de áreas protegidas da Argentina.[2]

No ano 2002, as terras que compõem a área protegida foram entregues em doação, ela Fundação Vida Silvestre Argentina, ao Estado Nacional da Argentina. Em 20 de outubro de 2004 sancionou-se a lei de criação do novo parque nacional, passando assim à jurisdição federal o primeiro parque marinho continental da Argentina.[3]