Na pré-história, o Vale do Ivindo e o Vale do Ogoué, onde atualmente se encontra o parque, foi habitada por humanos. Foram encontrados vestígios do período da Idade da Pedra e da Idade do Ferro. Entre os anos de 2500 a.C. e 2000 a.C., com as perturbações climáticas, o povo Bantu migrou para outras regiões. Os vales passaram por um longo período de despovoamento até o final do século XIII, com o povo Kota povoando a bacia do Ivindo, principalmente ao longo dos rios Ivindo e Djidji.[1][2]

Entre os anos de 1930 e 1970, com a política de reagrupamento populacional criada pelo Governo Colonial, as aldeias foram todas agrupadas ao longo das estradas principais, Ovan-Makokou e Makokou-Okondja.[1]

No dia 30 de agosto de 2002, através de decreto presidencial 612/PR/MEFEPEPN, o Parque Nacional de Ivindo foi criado, onde foram definidos os limites do parque.[3][4]

Em 2 de fevereiro de 2009, uma área do parque com 132.500 hectares, que abrange as corredeiras e cachoeiras do Ivindo e uma parte de Ogoué, entrou para a lista de sítios Ramsar, de nº 1852.[1]