O monastério foi fundado em meados do ano de 595 pelo monge assírio Elias, da Igreja do Oriente. Mais tarde, a Igreja Católica Caldeia assumiria o posto.[1] O monastério era o centro da comunidade cristã regional – por séculos, centenas de cristãos visitavam-no para o Feriado de Santo Elias, que cai na última quarta-feira de novembro.[2]

Em 1743, o líder persa Nader Xá danificou o mosteiro e assassinou os 150 monges que lá viviam, após recusarem-se converter ao islã.[3] Dair Mar Elia permaneceu em ruínas até o começo do século XX. Durante a Primeira Guerra Mundial, o monastério foi usado como local de refúgio, o que levou à reconstrução de parte do local.[4] A estrutura, junto com um reservatório e fontes de água mineral, foi mantida pela Igreja Caldeia, e peregrinações às ruínas continuaram a ser feitas.[2] Na década de 1970, o monastério serviu de base militar para a Guarda Republicana Iraquiana.[5]

Durante a invasão do Iraque em 2003, o monastério foi avariado por tanques iraquianos que destruíram algumas salas e encheram uma antiga cisterna com lixo e fezes. Uma parte do muro foi destruída após um T-72 ser alvejado por um míssil americano. Depois do Exército dos Estados Unidos tomar controle da área, o local ficou à beira da Base Operacional Marez. Soldados americanos vandalizaram o monastério ao pichar as paredes e caiar a capela, destruindo murais de mais de seis séculos. Mais tarde, o local ainda viria a ser saqueado.[6]