As origens da cidade são incertas, emboras as primeiras notícias de sua existência foram encontradas durante a Dinastia Goryeo, que tinha a sua origem aqui.

Quando Yi Songgye destronou a dinastia Goryeo em 1392 e estabeleceu o reino da Coreia, transladou a capital de Kaesong para Hanyang (hoje em dia Seul). Kaesong seguiu sendo parte da província de Kyonggi até a Guerra da Coreia. Em 1951 a cidade (que pertencia à Coreia do Sul) foi conquistada pela Coreia do Norte. Os arredores da cidade também passaram a ser nortecoreanos e a zona foi renomeada como Região de Kaesong (Kaesŏng Chigu; 개성 지구;开城地区).

Em 2002 a Região Industrial de Kaesong foi adicionada a Kaesong. E em 2003 o resto de Kaesong passou a formar a província de Hwanghae do Norte.

A cidade é próxima da Zona Desmilitarizada da Coreia que divide as duas Coreias. Quando a Coreia era dividida pelo paralelo 38, depois da Segunda Guerra Mundial, Kaesong ficava do lado sul da fronteira (dentro da Coreia do Sul). Kaesong, dependendo da perspectiva, é a única cidade ocupada pela Coreia do Norte, ou a única cidade liberada pelo Exército Norte-coreano