No século XIX estabeleceu-se um posto de comércio e uma missão chamada Gondokoro nas imediações de Juba. Era o posto mais a sul das guarnições do Império Otomano onde existia um punhado de soldados quase sempre doentes com malária e outras doenças da região.

Juba também foi a base das expedições de Samuel Baker que exploraram o Sudão do Sul e o Uganda em 1863 a 1865 e 1871-1873, respectivamente.[1]

Em 1922, um pequeno grupo de comerciantes gregos chegou à área e estabeleu Juba na margem oeste do Nilo Branco. Os gregos, que tinham excelentes relações com a tribo indígena de Juba (o Bari), construíram o que é hoje o distrito de negócios. Os edifícios que atualmente abrigam o Buffalo Commercial Bank, o Nilo Commercial Bank, o Hotel Paraíso, Casa do Cônsul Noruega e muitos outros, foi originalmente construído pelos gregos e foram as únicas estruturas permanentes até o início dos anos 1940.

A partir de 1899 a 1956, Juba pertenceu ao Sudão Anglo-Egípcio, gerido conjuntamente pelos Reino Unido e pelo Egito. A esperança britânica para unir o sul do Sudão e o Uganda desapareceu em 1947 por causa de um acordo feito em Juba, também conhecido como a Conferência de Juba, para unificar o Norte e o Sul do Sudão. Em 1955, uma revolta por parte de soldados do sul da cidade Torit desencadeou a Primeira guerra civil sudanesa, só terminou em 1972. Durante a Segunda Guerra Civil do Sudão Juba era um lugar estratégico que foi o centro de muitas batalhas.

Em 2005 Juba tornou-se a sede temporária e de capital do governo semiautônomo de Sudão do Sul, embora o capital proposta provisoriamente enquanto se aguardava a assinatura do Acordo de Paz foi Rumbek. Com o advento da paz, as Nações Unidas aumentaram a sua presença em Juba, considerando que até agora muitas operações no sul do Sudão tinham sido operadas pelo Quênia. Sob a direção do Escritório para a Coordenação de Assuntos Humanitários (OCHA), o Nações Unidas, estabeleceram um acampamento conhecido como "campo de OCHA", que foi a base para muitas agências das Nações Unidas e para várias organizações não-governamentais.