Historia Śrinagaru sięga III wieku p.n.e., kiedy Śrinagar należał do imperium Aśoki. Śrinagar przejściowo znajdował się pod kontrolą koczowników z Azji Środkowej (Heftalici), jednak do XIV wieku zachował hinduistyczny i buddyjski charakter. Dopiero w XV–XVI wieku większość ludności Kaszmiru i Śrinagaru zaczęła wyznawać islam. Na początku XIX wieku Śrinagar trafił pod panowanie Sikhów. W połowie XIX wieku zostali oni pokonani przez Brytyjczyków i wówczas zdecydowano, że Kaszmir nie zostanie wcielony formalnie do Indii, ale będzie odrębnym, formalnie niezależnym księstwem z hinduistycznymi władcami. Taki też był status Śrinagaru do końca rządów Brytyjczyków w Indiach.

Historia Śrinagaru po uzyskaniu przez Indie niepodległości jest nierozerwalnie związana z historią konfliktu indyjsko–pakistańskiego o Kaszmir.

Uzyskanie przez Indie niepodległości w 1947 roku spowodowało narastanie konfliktów w Kaszmirze. W momencie wycofania się Brytyjczyków z Indii większość ludności Kaszmiru, w tym również Śrinagaru stanowili muzułmanie. Sprawę komplikował również status prawny Kaszmiru, który formalnie był niepodległym księstwem. W rezultacie decyzja o przynależności regionu, w tym również oczywiście Śrinagaru, do Indii bądź Pakistanu należała do maharadży Hari Singha. W momencie podjęcia działań zbrojnych przez Pakistańczyków Hari Singh zdecydował się wystąpić do Indii o interwencję zbrojną, a następnie wyraził zgodę na przyłączenie Kaszmiru do Indii. Stało się to bezpośrednią przyczyną wojny indyjsko-pakistańskiej w latach 1947–1948. Druga wojna indyjsko-pakistańska o Kaszmir miała miejsce w 1965 roku. Kaszmir był również obiektem interwencji chińskiej w 1962 roku.

Obecnie Śrinagar jest administrowany przez Indie. Nie oznacza to jednak, że Pakistan nie występuje z roszczeniami o miasto (i cały Kaszmir). Śrinagar jest obiektem częstych zamachów bombowych.