Budowa świątyni rozpoczęła się w 1992[1] lub 1995, nigdy jednak nie została ukończona z powodu wybuchu wojny w Kosowie[2]. Według innego źródła prace rozpoczęto w 1999 i w tym samym roku zostały one przerwane[3]. Obiekt usytuowany jest na terenie kampusu uniwersyteckiego w Prisztinie. Według Albańczyków żyjących w Prisztinie jego wznoszenie było umotywowane politycznie i miało służyć wzmocnieniu symbolicznej kontroli serbskiej nad Kosowem[2]. Serbski Kościół Prawosławny twierdzi, że cerkiew miała pełnić zwykłe funkcje kultowe, służąc lokalnej społeczności prawosławnej, która na początku lat 90. XX wieku liczyła 40 tys. osób, a dysponowała tylko jedną, niewielką cerkwią św. Mikołaja[1].

Po tym, gdy większość Serbów musiała opuścić Prisztinę, budynek został uszkodzony i przez kilka lat był strzeżony przez żołnierzy NATO[2]. Wielokrotnie padał również ofiarą wandalizmów[4][3]. Władze Kosowa wysuwały koncepcję adaptacji budynku na muzeum martyrologiczne Albańczyków kosowskich[4].

W lutym 2015 władze Kosowa po raz kolejny poinformowały, że jeśli obiekt nie zostanie zarejestrowany na zasadach, które obowiązują każdorazowo przy uzyskiwaniu zezwolenia na budowę, zostanie potraktowany jako samowola budowlana, a następnie zburzony. Serbski Kościół Prawosławny chciałby zakończenia prac[2] i utrzymuje, że budowa cerkwi została rozpoczęta w zgodzie z obowiązującym ówcześnie prawem, a żądania powtórnej legalizacji są bezzasadne. Uniwersytet w Prisztinie twierdzi natomiast, że grunt, na którym znajduje się obiekt sakralny, bezprawnie został odebrany uczelni[3][4]. Według duchownych prawosławnych zapowiedzi zniszczenia cerkwi są wyrazem dyskryminacji na tle etnicznym i religijnym[4][3].

10 czerwca 2021 r. (w święto Wniebowstąpienia Pańskiego) po raz pierwszy od ponad 20 lat celebrowano w nadal nieukończonej świątyni Świętą Liturgię[5].