Dokładna historia sanktuarium nie jest znana, gdyż w swojej historii płonęło trzykronie, a po każdym pożarze właściwie trzeba było je budować od nowa. Wkrótce po ustaniu suszy, co miało być wynikiem odnalezienia cudownego wizerunku, powstało Bractwo Aránzazu, do którego należała szlachta z Oñate. W miejscu objawienia zbudowano pustelnię, a wkrótce także schronisko dla pielgrzymów. Szybko pojawili się tu mercedariusze, którzy w 1493 zatwierdzili swoją wspólnotę w tym miejscu. Wkrótce jednak zakon opuścił to miejsce i po przejściowej przynależności do dominikanów (1508-14) miejsce to stało się własnością franciszkanów, w których rękach pozostaje do dziś.

Pierwszy pożar i odbudowa

Do 1553 wszystkie obiekty klasztorne zostały wykończone, lecz w tym samym roku wybuchł pożar, który strawił je doszczętnie. Prowincjał franciszkanów w liście wysłanym do Ignacego Loyoli pisał, że z pożaru cudownie ocalał jedynie kościół. Przepadły jednak archiwa i wota wdzięczności pielgrzymów, oba przechowywane w krużgankach klasztornych. Dzięki hojnym datkom okolicznych mieszkańców, w tym szlachty, nowy klasztor, jeszcze większy od poprzedniego, zbudowano w imponująco krótkim czasie – tak, że w 1567 można było się zająć pracami nad renowacją kościoła. Ten został ukończony w 1621, a z okazji tego wydarzenia władze kościelne w Rzymie ogłosiły specjalny jubileusz. Bogaty program liturgiczny przyciągał pielgrzymów z terenów baskijskich; celebracje odbywały się zarówno po baskijsku, jak i kastylijsku[1].

Drugi pożar i odbudowa

Jednak już rok później (1622) kościół stanął w płomieniach. Wizerunek Maryi został ocalony, lecz cała reszta wyposażenia została zniszczona. Odbudowa postępowała szybko, ponownie dzięki hojnym datkom okolicznych mieszkańców. Powstał wtedy kościół dwupoziomowy, w którym wizerunek Dziewicy z Aránzazu przechowywano w kaplicy górnej. Przy kościele zbudowano liczne obiekty towarzyszące, w tym zajazd dla pielgrzymów. Podczas okupacji napoleońskiej król Józef Bonaparte podpisał w 1809 dekret o rozwiązaniu wspólnot klasztornych i konfiskacie ich mienia. W efekcie w 1810 wizerunek Matki Boskiej z Aránzazu został przeniesiony do kościoła św. Michała w Oñate, gdzie pozostał do zakończenia wojny o niepodległość (1814).

Trzeci pożar i odbudowa

W czasie pierwszej wojny karlistowskiej oddziały wojsk liberalnych (krystynosów, wspierających królową Izabelę), zważywszy na fakt, że zakonnicy stawali w obronie absolutyzmu Ferdynanda VII, zniszczyły obiekty klasztorne i samo sanktuarium paląc je (1834). W tym samym roku rozwiązano Bractwo Aránzazu, istniejące właściwie od początków kultu maryjnego w tym miejscu. W 1840 rozwiązano także miejscową wspólnotę franciszkanów. Prace restauracyjne kościoła odbyły się w latach 1844-46, zaś w 1878 zezwolono na odtworzenie wspólnoty franciszkańskiej. Nowy budynek klasztorny oddano do użytku w 1884. W czerwcu 1886 przeprowadzono koronację Dziewicy z Aránzazu – pierwszą kanoniczną koronację w Kraju Basków, przesuniętą względem planowanej daty prawie o rok z powodu epidemii cholery. W 1918 Dziewica z Aránzazu została patronką prowincji Gipuzkoa.

 Fasada bazylikiNowa bazylika

W 1950 uznano za konieczne wzniesienie nowej bazyliki. Ogłoszono więc konkurs, który wygrała pracownia z Madrytu. Zwycięski projekt zakładał, że integralną częścią bazyliki jest naturalna sceneria Aránzazu, bogata w roślinność i niezwykłą grę światła i cieni w szorstkich skałach i imponujących wąwozach. Nowa bazylika miała nosić cechy solidności i prostoty ludu baskijskiego, bez idei akademickich i romantyzmu: miała być solidna i dzika, z kamieni ostrych jak głóg. Projekt odrzucał użycie cennych materiałów ozdobnych (marmur czy brąz), a skupiał się na surowcach typowo górskich (kamień, drewno, kute żelazo)[2]. Pierwsza msza święta została odprawiona latem 1955, choć miesiąc wcześniej kuria biskupia wstrzymała prace twierdząc, że podejście artystyczne nie uwzględnia nakazów Kościoła Świętego w sprawach sztuki sakralnej. Architekci zostali oskarżeni o „zwiedzenie przez prądy modernistyczne”. Prace zostały zawieszone, a śmierć architekta odpowiedzialnego za absydę (1962) stanowiła pretekst do ogłoszenia nowego konkursu. Śmiałość projektu artystów biorących udział w budowie bazyliki doprowadziła do jego paraliżu na prawie 15 lat. Projekt został dokończony dzięki zmianom, jakie zaszły w Kościele Katolickim w wyniku II soboru watykańskiego. Ostateczna inauguracja kompleksu z konsekracją bazyliki miała miejsce w 1969, z okazji pięćsetlecia objawienia Matki Boskiej w tym miejscu. Krypta była jednak wykańczana do lat 80. XX w.