Samarkanda jest jednym z najdłużej zamieszkanych miast świata. Starożytne miasto pod nazwą Marakanda powstało w VI wieku p.n.e. jako stolica satrapii sogdyjskiej pod panowaniem perskiej dynastii Achemenidów. W 329 r. p.n.e. miasto zostało zdobyte przez Aleksandra Wielkiego. Okres rozwoju nastąpił dzięki powstaniu szlaku jedwabnego, łączącego Europę i Chiny. Samarkanda stała się największym miastem Azji Środkowej.

W 712[1] roku została podbita przez Arabów, którzy wprowadzili religię islamską. W tym czasie stała się również centrum wytwarzania papieru, z którego papier zawędrował do Europy. Za panowania Abbasydów Arabowie uzyskali od chińskich jeńców wziętych do niewoli po bitwie nad rzeką Tałas w 751 roku tajemnicę produkcji papieru. W rezultacie w Samarkandzie powstała pierwsza w świecie arabskim papiernia.

Samarkanda była jednym z najważniejszych miast w państwach Samanidów i Karachanidów. W 1220 została zburzona przez Czyngis-chana. Jedynie niewielka część populacji miasta przetrwała najazdy mongolskie (zdziesiątkowano ludność o niemal 60 tys. mieszkańców). W latach 1369–1405 Samarkanda była stolicą rozciągającego się od Indii do Turcji państwa Timura. W ciągu 36 lat władca wzniósł nowe miasto i sprowadził do niego artystów i rzemieślników z całego imperium. Pod panowaniem Timurydów miasto odzyskało swoje dawne znaczenie i stało się jednym z najsłynniejszych ośrodków kultury, nauki i sztuki islamskiej. Największy rozkwit Samarkanda przeżywała w XV wieku za panowania Uług Bega, wnuka Timura. W porównaniu z poprzednimi dekadami, stabilna sytuacja państwa sprawiła, że Uług Beg zaczął inwestować jeszcze bardziej w rozwój naukowy i kulturalny swojej stolicy. Z jego inicjatywy wzniesiono obserwatorium astronomiczne i medresy – tradycyjne w świecie islamu szkoły wyższe[2].

Od połowy XVI wieku znajdowała się w granicach chanatu bucharskiego. Wraz z utratą rangi stolicy na rzecz Buchary rozpoczął się upadek miasta. Po najeździe wojsk Nadir Szacha w XVIII wieku miasto zostało opuszczone. W 1868 roku zostało zdobyte przez wojska rosyjskie i stało się częścią Rosji. Miasto zostało stolicą obwodu samarkandzkiego. Jego znaczenie wzrosło po wybudowaniu transkaspijskiego szlaku kolejowego, który dotarł do miasta w 1888 roku. W roku 1925 Samarkanda została stolicą Uzbeckiej Socjalistycznej Republiki Radzieckiej. Pięć lat później straciła to miano na rzecz Taszkentu.

Samarkanda była jednym z miejsc zesłań Polaków po powstaniu listopadowym i powstaniu styczniowym. Opisując czasy formowania Armii Andersa, Ksawery Pruszyński napisał o niej opowiadanie „Trębacz z Samarkandy”.