Budowę klasztoru dla buddyjskiej szkoły sakja rozpoczął w 1073 niejaki Konczog Gialpo (Wylie: Dkon mchog rgyal po), członek arystokratycznego rodu Khon (pochodzili z niego również wszyscy główni lamowie linii przekazu – sakjapowie). Szkoła ta, podobnie jak większość tybetańskich linii przekazu, powstała w czasach buddyjskiego odrodzenia (w okresie rozbicia politycznego w Tybecie w XI i XII wieku), a Sakja Gompa stała się jej głównym klasztorem[1][2] (do 1959).

Największe znaczenie i rozwój tradycji datowany jest na okres podboju mongolskiego, kiedy to w imieniu chanów sakjapowie zarządzali Tybetem, a wśród Mongołów zaczął rozprzestrzeniać się buddyzm. Za rządów Pakpa lamy (1256–1280), bratanka wielkiego Sakja Pandity, klasztor rozbudowano (1269–1277) dodając Wielką Świątynię (Lha-khang chen-mo), będącą de facto fortecą w stylu mongolskim[3].

Ze względu na swoją długowieczność oraz ogromne znaczenie w historii politycznej Tybetu, klasztor był miejscem przechowywania wielu bezcennych dzieł sztuki, na które składały się tradycyjne malowidła i rzeźby wytworzone w Bengalu, Kaszmirze, Nepalu i Chinach oraz zwoje biblioteczne w językach: tybetańskim, chińskim, mongolskim i sanskrycie[4][5].