Opactwo usytuowane jest na górze Pirchiriano (łac. Porcarianus, tzn. świńska góra) o wysokości 962 m n.p.m., wznoszącej się między Alpami Kotyjskimi a Niziną Padańską. Osadnictwo na tym terenie sięga czasów prehistorycznych. Warownie wznosili na wzgórzu Ligurowie i Celtowie. W 63 r., gdy Alpy Kotyjskie stały się prowincją rzymską, wzgórze ponownie ufortyfikowano i zamieniono w castrum. W 569 r. warownię przejęli Longobardowie. W VIII w., w czasach króla Dezyderiusza, powstały systemy wież i umocnień, mających bronić Dolinę Suzy przed najazdami od strony Europy, m.in. Franków – tzw. śluzy longobardzkie (clusae). Panowanie Franków nad tymi terenami objęło okres od 773 do 888. Następnie Alpy Zachodnie zostały zdobyte przez Saracenów[1].

Pod koniec X wieku na Pirchiriano założył pustelnię św. Jan z Besate, arcybiskup Rawenny, uczeń św. Romualda. Arcybiskup Jan miał doświadczyć objawienia Michała Archanioła, wybierającego wzniesienie na miejsce swojego kultu. Budowę klasztoru rozpoczęto za papieża Sylwestera II, którego pontyfikat przypadł na lata 999–1003. Żyjący pod koniec XI wieku mnich Wilhelm w swym dziele Chronicon Coenobii Sancti Michaelis de Clusa jako datę fundacji podaje rok 966. Cenobium rozbudował, ofiarowując je benedyktynom, francuski szlachcic Hugon z Montboissier. Była to cena, którą miał ponieść za uzyskanie odpustu. Opactwo, po wybudowaniu osobnego hospicjum dla podróżnych, stało się ważnym miejscem na szlaku przechodzącej w pobliżu Via Francigena, biegnącej z Anglii w kierunku Rzymu[1].

W roku 1090 hrabiowie Genewy podarowali opactwu Vallée de Chamonix oraz na początku XII wieku przeorat Port-Valais[2].

Opactwo rozwijało się swobodnie do 1379, kiedy ustanowiono urząd opata komendatoryjnego. W latach 1381-1622 życiem we wspólnocie zakonnej zarządzał przeor, a dochody wędrowały do nieprzebywającego nawet w opactwie opata komendatoryjnego. W 1622 papież Grzegorz XV, przekonany przez kard. Maurycego Sabaudzkiego, całkowicie zniósł wspólnotę benedyktyńską[1].

Opactwo solidnie ucierpiało w 1629 roku, zdobyte przez wojska francuskie[3].

Instytucja opactwa została zniesiona w okresie napoleońskim w 1803 roku. Przywrócił ją papież Pius VII w roku 1817, pozbawiając jednak przywileju niezależności od jakiegokolwiek biskupa (tzw. abbatia nullius). Stolica Apostolska podporządkowała opactwo ordynariuszowi diecezji Susy.

W 1836 r. na prośbę króla Karola Alberta Sabaudzkiego papież Grzegorz XVI specjalnym brewe powierzył opiekę duchową i materialna nad opactwem założonemu przez bł. Antonio Rosmini-Serbatiego zgromadzeniu rosminianów. Do opactwa przeniesione zostały z katedry turyńskiej ciała zmarłych członków sabaudzkiej rodziny królewskiej (m.in. księżnej Małgorzaty de Valois, księcia Franciszka Hiacynta, księżnej Marii Joanny Baptisty de Savoie-Nemours żony Karola Emanuela II, kard. Maurycego Sabaudzkiego). W 1867 rząd Królestwo Włoch, wprowadzając ustawę odbierającą dobra materialne zakonom i zgromadzeniom, pozbawił rosminianów niezbędnych dochodów, z których utrzymywali obiekt i wspólnotę[4].

Opactwo odwiedził 14 lipca 1991 papież Jan Paweł II[5].