Pierwsza świątynia powstała w 1580 roku, jednak została zniszczona przez pożary w latach 1595 i 1601[1]. W 1602 roku rozpoczęto odbudowę gmachu według projektu włoskiego jezuity Karola Spinoli[2]. W pracach budowlanych brali udział głównie chrześcijańscy rzemieślnicy z Japonii, którzy uciekli przed prześladowaniami w kraju[3][4]. Kościół został ukończony w 1637 roku i stanowił wówczas największą świątynię katolicką w Azji Wschodniej[1]. Budynek trzykrotnie stawał w płomieniach, największe straty spowodował ostatni pożar, do którego doszło 1 stycznia 1835 na skutek tajfunu[5]. Ogień zniszczył niemal całą świątynię z wyjątkiem przedniej fasady i kamiennych schodów przed kościołem, które zachowały się do dziś[6].

W latach 1990-95 przeprowadzono badania archeologiczne kościoła, podczas których odkopano fundamenty wraz z kryptą i odkryto wiele religijnych artefaktów. Podjęto także prace renowacyjne, mające na celu wzmocnienie konstrukcji fasady i uniknięcie jej zawalenia[6]. W tym czasie utworzono również muzeum, w którym organizowane są wystawy poświęcone sztuce religijnej[6][1].

W roku 2005 ruiny wraz z zabytkowym centrum Makau zostały wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO[7].