Miasto zostało nazwane na cześć irlandzkiego kapitana Johna Williamsa Wilsona, znanego w tym regionie Chile jako Juan Guillermos, który założył niedaleko fort Fuerte Bulnes, przeniesiony później na półwysep Brunswick.

Puerto Williams założono w 1953 jako bazę wojskową, pierwotnie pod nazwą Puerto Luisa. Osadnictwo cywilne pojawiło się wraz ze wzrostem popularności turystyki w tym regionie.

Miasto ma połączenie lotnicze i promowe z chilijskim Punta Arenas, brak natomiast regularnej komunikacji z argentyńskim portem Ushuaia, jedyną możliwością dostania się bezpośrednio do Argentyny pozostaje wynajem prywatnego jachtu.