Miasto zostało założone w VII w. p.n.e. przez Osków, następnie znalazło się pod panowaniem greckim, później (od 525 do 474 r. p.n.e) etruskim. W czasach oskijskich lub etruskich miasto zostało otoczone murami obronnymi. Pod koniec V wieku p.n.e. zostało zdobyte przez Samnitów. Pod koniec IV wieku p.n.e. Pompeje zawarły z Rzymem układ sojuszniczy, który zobowiązywał je do pomocy militarnej, ale pozostawiał Pompejańczykom autonomię, własne urzędy i język.

Historyczne Pompeje powstały na stoku wzniesienia utworzonego przez prehistoryczną lawę. Położone były na wysokości 40 m n.p.m. nad rzeką Sarnus (obecnie Sarno). Jeszcze przed dominacją samnicką zostało przekształcone z niewielkiej osady rolniczej w miasto rozplanowane wokół Trójkątnego Forum. Pod panowaniem Samnitów obszar 66 ha otoczono murem obronnym o długości ok. 3 km. Pompeje miały system kanalizacyjny poprowadzony wzdłuż ulic. Woda do fontann ulicznych, term i bogatszych domów dostarczana była akweduktem. Budynki mieszkalne wyposażone były w zbiorniki impluvium gromadzące deszczówkę. Zabudowa rozplanowana wzdłuż regularnej siatki ulic podzielona była na dziewięć sfer, z których każda pełniła określoną funkcję. Hotele i stajnie dla zwierząt jucznych rozlokowane były w pobliżu bram wjazdowych. Przy głównych ulicach usytuowano zajazdy i gospody. Przy ulicach ulokowane były domy mieszkalne z atriami i perystylami. Podczas prac wykopaliskowych odsłonięto liczne sklepy, warsztaty, teatr, forum z bazyliką, kurią i świątyniami, trzy palestry i termy, amfiteatr z koszarami gladiatorów i wiele innych obiektów. Dopiero w ostatnim okresie historii zaczęto budować domy mieszkalne poza murami obronnymi, wcześniejsze przebudowy ograniczały się do terenów wewnątrz fortyfikacji. Zmiany polegały m.in. na łączeniu 2, 3 starszych, pochodzących z okresu samnickiego domów w duże rezydencje z przylegającymi do nich sklepami lub warsztatami. Domy powiększano też przez dobudowywanie piętra.

Pomiędzy IV a I wiekiem p.n.e. miasto było samorządne, posiadało także tradycyjne samnickie urzędy z mediss toutiksem jako najwyższym urzędnikiem. W III i II wieku p.n.e. miasto przeżywało okres dynamicznego rozwoju, będąc jednym z najważniejszych portów w regionie, obsługiwało Nolę i Nucerię. W rękach pompejańskich znajdowało się także ujście żeglownej rzeki Sarnus. Miasto i jego okolice było położone na żyznych ziemiach, gdzie uprawiano winorośl, oliwki i zboża. W II wieku p.n.e. nastąpił znaczny rozwój miasta w kierunku północnym i wschodnim oraz przebudowa centralnych części miasta i budowli reprezentacyjnych położonych przy forum. Liczba ważnych i reprezentacyjnych budowli oraz ich wielkość pozwoliły Pompejom zdystansować pod tym względem ówczesny Rzym.

W wojnie sprzymierzeńczej w 89 roku p.n.e. Pompeje stanęły po stronie miast italskich. Miasto musiało odegrać znaczącą rolę w wojnie, ponieważ było wymieniane wśród tych ośrodków, które zbuntowały się jako pierwsze. Appian z Aleksandrii wspomina też o walkach prowadzonych w regionie Pompejów przez Sullę, zaś Wellejusz Paterkulus wspomina oblężenie miasta, brak natomiast archeologicznych śladów zdobycia miasta w boju. Po zakończeniu wojny zostało pozbawione praw i przekształcone w 80 roku p.n.e. w rzymską kolonię wojskową Colonia Veneria Cornelia Pompeianorum. Kolonie sullańskie były ustanawiane tylko w najbardziej wrogich ze zdobytych miast italskich. Przez ponad dwadzieścia lat pierwotni mieszkańcy byli pozbawieni większości praw obywatelskich i dyskryminowani na rzecz kolonistów, rekrutowanych wśród weteranów wojska Sulli. Największy rozwój miasta nastąpił w I wieku n.e. Głównym źródłem utrzymania mieszkańców był handel morski.

 Mieszkańcy Pompejów Terentius Neo z żoną, fresk z I wieku