Obszar dzisiejszego parku narodowego był według badań zamieszkany od 3500 lat. Mieli wtedy przybyć w to miejsce Indianie z ludu Miwok. Lokalne plemię zostało później nazwane Ahwahneechee. Plemię to prowadziło życie koczownicze, choć w dolinie Yosemite powstało kilka stałych osad. Sytuacja Indian w tym regionie pogorszyła się wraz z wybuchem gorączki złota w 1849 r. Zostali oni wtedy zmuszeni do rywalizacji o dobra naturalne ze znacznie lepiej uzbrojonymi amerykańskimi kolonizatorami. Rdzenna ludność starała się jednak stawiać opór górnikom, co spowodowało powstanie w 1851 r. Batalionu Mariposa, który miał zwalczać agresję ze strony Indian. Był on złożony z ochotników. Podczas pogoni za wycofującą się grupą Indian członkowie tej organizacji wkroczyli do Doliny Yosemite. Relację z tego miejsca opisał Lafayette Bunnell, co przyczyniło się do rozsławienia bogactw naturalnych tego miejsca[1].

W wyniku rozpowszechnienia informacji o istnieniu Doliny Yosemite, pojawiło się zagrożenie nadmiernego wykorzystania środowiska przyrodniczego przez prywatnych inwestorów. Dlatego też Kongres, po złożeniu wniosku przez tamtejszych osadników, podjął decyzję o utworzeniu rezerwatu na terenie doliny. Obszar był od tego czasu zarządzany przez władze stanu Kalifornia. W 1890 r. na miejscu tym założono Park Narodowy Yosemite, który obejmował nie tylko teren Doliny Yosemite, ale też okoliczne obszary, a w 1906 r. połączono go z rezerwatem[1].