Region jeziora Kiwu został odkryty przez Europejczyków na początku lat 60. XIX w.[1]  W 1902 roku ekspedycja Friedricha Roberta von Beringe (1865–1940) przywiozła do Muzeum Zoologicznego w Berlinie okaz nieznanego wówczas goryla Gorilla gorilla, upolowanego w regionie[1] . W wyniku późniejszych badań okaz ten został opisany jako nowy podgatunek i nazwany na cześć von Beringe Gorilla gorilla beringei[2]. W wyniku tego odkrycia region stał się popularny wśród podróżników i badaczy, którzy zaczęli polować na goryle[1] .

W 1920 roku szwedzki książę Wilhelm Bernadotte (1884–1965) zorganizował kolejną ekspedycję i zaczął lobbować władze belgijskie, by region Kiwu objąć ochroną[1] . W tym samym roku w regionie działała amerykańska wyprawa pod kierownictwem taksydermisty Carla Akeleya (1864–1926), której celem bylo dostarczenie grupy goryli na wystawę edukacyjną[1] . Wyprawa Akeleya stwierdziła rzadkie występowanie goryli i ryzyko ich wyginięcia[1] . Belgijskie Ministerstwo ds. Kolonii znalazło się pod presją środowiska naukowego i opinii publicznej[1] . Wobec presji, a także stale rosnącego popytu na licencje na polowania, mnisterstwo wprowadziło pierwsze działania na rzecz ochrony regionu[1] . Utworzono dwa rezerwaty: Rezerwat Alberta, który objął tereny pomiędzy rzeką Rutshuru a południowym krańcem Jeziora Edwarda oraz drugi na terenach na północny wschód od jeziora Kiwu, między wulkanem Sabyinyo a misją katalicką Tongres Sainte Marie[1] .

W ochronę goryli i regionu Wirunga zaangażował się król Belgów Albert I Koburg (1875–1934), który 21 kwietnia 1925 roku wydał dekret o utworzeniu parku narodowego[1]  – pierwszego tego typu obszaru chronionego na terenie Afryki[3] . Park został nazwany cześć króla Parkiem Narodowym Alberta (fr. Parc Albert)[1] .

Park początkowo ochroną obejmował trzy góry masywu Wirunga[3] . Jego powierzchnia wynosiła 200 km²[1] . Polowanie na goryle i inne gatunki było całkowicie zabronione, z wyjątkiem przypadków samoobrony[1] . Granice parku zostały wytyczone bez wzięcia pod uwagę warunków geograficznych czy ekonomicznych[1] . Generalny gubernator kolonii uznał granice parku w dekrecie z 10 lipca 1925 roku[1] .

Z czasem powierzchnia parku została powiększona o tereny równinne na północnym wschodzie, Jezioro Edwarda i Ruwenzori identyfikowane z Górami Księżycowymi z mapy Ptolemeusza z II w. n.e.[3] 

W 1928 roku belgijskie ministerstwo ds. kolonii sfinansowało dwie wyprawy badawcze celem zebrania danych topograficznych, botanicznych i zoologicznych, by lepiej wytyczyć granice parku[1] . Wyprawami pokierowali badacze amerykańscy – ornitolog James Chapin (1889–1964) i Carl Akeley[1] . Na podstawie zebranych informacji 9 lipca 1929 roku władze belgijskie ustanowiły autonomiczna instytucję Park Narodowy Alberta, powiększając zarazem obszar parku do 1900 km²[1] .

Na początku lat 30. XX wieku powierzchnia parku rozrosła się do 8580 km², obejmując ochroną sawanny, mokradła, lasy, a także wulkany z unikalną roślinnością afro-alpejską[4] .

W 1934 roku utworzono Instytut ds. Parków Narodowych Konga Belgijskiego (fr. Institut des Parcs Nationaux du Congo Belge, IPNCB), któremu powierzono zarządzenie parkiem[1] . W tym samym roku zmniejszono granice parku, by uniknąć konfliktów o ziemie z miejscową ludnością[1] . Park miał charakter ścisłego rezerwatu, do którego wstęp mieli jedynie naukowcy po uzyskaniu pozwolenia na prowadzenie badań w terenie[4] . Lokalna ludność z grup Banyarwanda, Nande i Hema była wysiedlana, a na terenie parku pozostawiono jedynie z pigmejów Batwa, którzy byli przedmiotem zaintersowania badaczy[4] .

W 1935 roku powierzchnię parku powiększono do 4700 km²[1] .

W 1969 roku nazwa parku została zmieniona na Park Narodowy Wirunga (fr. Parc Nacional des Virunga) w ramach „afrykanizacji” prowadzonej przez prezydenta Mobutu Sese Seko (1930–1997)[4]  po uzyskaniu przez Kongo niepodległości od Belgii w 1960 roku[3] .

W roku 1979 park został wpisany jako jeden z pierwszych obiektów na listę światowego dziedzictwa UNESCO[5] .

W latach 90. XX w., z uwagi na wysoki poziom ubóstwa Kongijczyków, na terenie parku rozwinęło się kłusownictwo[3] .

W 1994 roku przy granicach parku osiedliły się prawie 2 miliony uchodźców z Rwandy uciekających przed ludobójstwem[3] . Nagły wzrost ludności w bezpośrednim sąsiedztwie parku doprowadził do zniszczeń środowiska naturalnego przez deforestrację i kłusownictwo[6] , a park został wpisany na listę światowego dziedzictwa w zagrożeniu[7]. W 1995 roku kłusownicy zabili 4 goryle górskie[3] .

W 1996 roku w Kongu wybuchła wojna domowa, co utrudnia prowadzenie parku narodowego[3] . W wyniku konfliktu w 2001 roku zabity został srebrnogrzbiety samiec – głowa rodziny Rugendo[3] . W 2003 roku pomimo podpisanego porozumienia pokojowego, walki i kłusownictwo w parku trwały nadal[3] . W 2006 roku lokalne grupy militarne wybiły 400 hipopotamów, by zdobyć kły na sprzedaż i pożywienie dla oddziałów[3] . Wskutek tego w parku ostało się zaledwie 629 hipopotamów – w latach 60. i 70. XX w. było ich 30 tys.[3] 

W 2007 roku zabito kolejne 7 goryli[3] . Masakra zwierząt doprowadziła do zwiększenia wysiłków na rzecz ochrony parku[3] . W 2008 roku Kongijski Instytut ds. Ochrony Przyrody (fr. Institut Congolaise pour la Conservation de la Nature, ICCN) i Fundacja Wirunga[3]  wprowadziły wspólnie nową strukturę zarządzania. W roku 2009 otwarto ośrodek Senkwekwe, zajmujący się zwierzętami osieroconymi w masakrze z 2007 roku[3] .

W roku 2011 Kongijski Instytut ds. Ochrony Przyrody i Fundację Wirunga wprowadziły program na rzecz pokoju z zamiarem utworzenia 100 tys. miejsc pracy[3] . W 2012 roku na terenie parku i w jego sąsiedztwie wybuchła rebelia Ruchu 23 Marca i ruch turystyczny został wystrzymany[3] . Park ponownie otwarto dla turystów w 2014 roku[3] .

Po 2010 roku, na terenie parku przy jeziorze Edwarda brytyjskie przedsiębiorstwo SOCO rozpoczęło poszukiwania ropy naftowej, co zostało oprotestowane przez World Wide Fund for Nature i Centrum Światowego Dziedzictwa UNESCO[8] [9]. Powstały w 2014 roku film dokumentalny w reżyserii Orlando von Einsiedla Virunga[10] nagłośnił problemy parku w dobie nieustających walk i zagrożeń związanych z wydobyciem ropy[8] . W 2015 roku SOCO zakończyło prace[11].

W okresie od czerwca 2018 do lutego 2019 roku park pozostawał zamknięty dla zwiedzających z uwagi na ataki na strażników i ich zabójstwa oraz porwania turystów[6] . Park został ponownie zamknięty w okresie od marca do czerwca 2020 roku z uwagi na pandemię COVID-19[12].

Od 1988 roku funkcjonowanie parku jest współfinansowane przez Unię Europjeską[3] [13].