Region został objęty ochroną jako rezerwat Aborygenów w 1964 roku[1] . Aborygeni zamieszkują ten region nieprzerwanie od ponad 40 tys. lat[2]. Utworzenie parku narodowego zostało po raz pierwszy zaproponowane w 1965 roku[3]. W 1972 roku powstał tu obszar ochrony przyrody[1] . Sam park narodowy powołano do życia na mocy Ustawy o parkach narodowych i ochronie przyrody z 1975 roku (ang. National Parks and Wildlife Conservation Act) i utworzono w trzech etapach w latach 1979–1991[3]. Pod koniec lat 70. XX w. aborygeńscy właściciele ziemi wydzierżawili swoje ziemie Dyrektorowi Parków Narodowych (ang. Director of National Parks), aby nimi wspólnie zarządzać jako parkiem narodowym[4]. W uznaniu języka aborygeńskiego Gagudju (także „Kakadu”), którym posługuje się rdzenna ludność w regionie, park nazwano „Kakadu”[3]. Park został proklamowany na mocy Ustawy o ochronie środowiska i różnorodności biologicznej z 1999 roku (ang. Environment Protection and Biodiversity Conservation Act 1999)[4]. W 2013 roku terytorium parku zostało poszerzone o obszar leśny Koongarra[3].

W 1981 roku park został wpisany na listę światowego dziedzictwa UNESCO[2]. W 2007 roku park został wpisany na australijską Listę Dziedzictwa Narodowego[2]. Od 2010 roku cały obszar park znajduje się na liście konwencji ramsarskiej[5][6].