Pałace były wznoszone dla dwunastu kolejnych władców królestwa Dahomeju, które istniało od poł. XVII do końca XIX wieku[1]. Na terenie kompleksu mieszkali nie tylko władcy, ale ich rodziny – pod koniec XIX w. kilka tysięcy osób[2]. Kompleks pałacowy był nie tylko ośrodkiem władzy politycznej, ale stanowił także główny ośrodek rozwoju rzemiosła[1]. Znajdował się tu również skarbiec królestwa[1]. Według XIX-wiecznych opisów było to „królestwo w królestwie”[3].

Pałace zostały częściowo zniszczone w 1892 roku podczas próby zajęcia Abomeyu przez wojska francuskie, kiedy Behanzin (1889–1894) podjął próbę spalenia kompleksu, by nie wpadł w ręce wroga[4]. Ponadto wiele z nich uległo zniszczeniu wskutek działalności żywiołów – przede wszystkim ulewnych opadów deszczu[5]. W czasach kolonialnych oraz po uzyskaniu niepodległości przez Benin w 1960 roku, w różnych okresach pałace stały albo opuszczone albo poddawane były przebudowom, rozbudowom i odbudowom[5].

Współcześnie pałace nie są zamieszkane[1]. W pałacach królów Ghezo i Glele znajduje się Historyczne Muzeum Abomeyu poświęcone historii Dahomeju[1].

W 1985 roku królewskie pałace zostały wpisane na listę światowego dziedzictwa UNESCO oraz jednocześnie na listę obiektów zagrożonych[1]. W 1984 roku kompleks został zniszczony przez tornado, po odbudowie, w 2007 roku został usunięty z listy obiektów zagrożonych[6].

W 2009 roku pałace zostały częściowo zniszczone w pożarze buszu[7]. Wiatr harmattan sprawił, że ogień rozprzestrzeniał się szybko, strawił słomiane dachy i zniszczył strukturę sześciu budynków wokół dwóch świątyń króla Agasu oraz groby królów Agonglo i Ghezo i ich 41 żon[7]. Kompleks ponownie zajął ogień w 2015 roku – spłonął dach pałacu Houegbadji[8].