KL Mauthausen został założony 8 sierpnia 1938 w miejscowości Mauthausen w pobliżu największego austriackiego kamieniołomu granitu (Wiener Graben). Lokalizacja była ściśle związana z utworzonym w 1938 przez Heinricha Himmlera przedsiębiorstwem Deutsche Erd- und Steinwerke[1]. Początkowo komendantem obozu został Albert Sauer, ale już od 17 lutego 1939 i do końca jego funkcjonowania funkcję tę pełnił Franz Ziereis.

Obok głównego obozu w Mauthausen funkcjonowały również jego filie: największa (większa od obozu macierzystego) w Gusen, Ebensee, Melk, Steyr-Münichholz, Schlier-Redl-Zipf, Gunskirchen, Amstetten, Wiener-Neudorf, Schwechat-Wien, St. Valentin, Sauerwerke-Wien i inne mniejsze[2]. We wrześniu 1944 utworzono w Mauthausen podobóz kobiecy, do którego przysłano więźniarki z obozów koncentracyjnych Ravensbrück, Bergen-Belsen, Gross Rosen i Buchenwaldu.

Wiosną 1945 w Mauthausen przebywało wielu więźniów ewakuowanych z Auschwitz-Birkenau w czasie marszów śmierci).

Pod koniec kwietnia 1945, wobec zbliżającego się frontu, część SS-manów opuściła obóz. 5 maja 1945 o godz. 17:00 na teren obozu wkroczyła armia amerykańska. Więźniowie i wyzwoliciele dokonali samosądu na złapanych strażnikach SS oraz wielu blokowych i kapach komand, których ciała zostały spalone w grobach masowych na oczach lokalnej ludności, przymuszonej niezależnie od wieku do oglądania egzekucji.

Komendant obozu Mauthausen, Franz Ziereis, po ucieczce w góry został postrzelony przez Amerykanów, następnie jego ciało zostało oznaczone swastyką i powieszone na drutach kolczastych obozu przez byłych więźniów[potrzebny przypis].

Jeszcze w 1945 Sowieci wykorzystywali budynki obozu jako baraki dla wojska. Jednocześnie prowadzili demontaż części konstrukcji obozowych, w szczególności elementów podziemnych fabryk Gusen, które sukcesywnie wysyłali do Związku Radzieckiego. Tunele zostały wysadzone.

W latach 1961–1965 na terenie KL Mauthausen, z inicjatywy byłych więźniów, powstało Miejsce Pamięci Mauthausen.