Coimbra, będąc pod panowaniem Rzymian, nosiła nazwę Aeminium. Po 589 stała się siedzibą diecezji, która wcześniej znajdowała się w Conimbridze, od której pochodzi obecna nazwa. W roku 711 na Półwysep Iberyjski przybyli Maurowie i nazwali miasto Kulūmriyya. W tym czasie stało się ono ważnym punktem handlowym między chrześcijańską północą i arabskim południem[1].

W wyniku rekonkwisty (1064) miasto zostało zdobyte przez portugalskich i hiszpańskich chrześcijan pod dowództwem króla Leonu Ferdynanda I Wielkiego. W 1139 pierwszy król Portugalii, Alfons I Zdobywca, ogłosił Coimbrę stolicą Portugalii, umieszczając ją w ten sposób w bezpiecznej odległości od nadal obecnych na południu Półwyspu Iberyjskiego Maurów. Coimbra pozostała stolicą do 1255, kiedy król Alfons III przeniósł ją do odbitej w rekonkwiście Lizbony[1].

Już w XII w. Coimbra miała strukturę miejską, podzieloną na górne miasto, gdzie mieszkała arystokracja, duchowni, a później studenci, oraz na dolne miasto, słynące z handlu i rzemiosła.

Od połowy XVI w. historia miasta była mocno związana z uniwersytetem Universidade de Coimbra – najstarszą i najbardziej prestiżową uczelnią w Portugalii, której początki sięgają 1290.

W pierwszej połowie XIX w. miasto zajęły wojska generałów Junota i Masséna podczas inwazji francuskiej (1807–1814). Coimbra zaczęła się odradzać po okupacji od ok. 1856, kiedy powstał pierwszy telegraf elektryczny i oświetlenie gazowe. W 1864 powstała sieć kolejowa, 11 lat później wybudowano żelazny most nad wodami Mondego, a w 1911 uruchomiono elektryczne tramwaje, aby połączyć stare miasto z peryferiami Coimbry[2].

W związku z dużą rolą uniwersytetu powstały w Coimbrze ruchy studenckie o charakterze społecznym, politycznym i kulturowym. Niektóre z nich przetrwały do dziś, np. najstarszy i najbardziej znany chór akademicki w Portugalii – Orfeon Académico de Coimbra (1880), czy Studencki Związek Akademicki – Associação Académica de Coimbra (1887)[2].