Manuskrypt powstał niedaleko miasta Chrudim, w benedyktyńskim klasztorze w Podlažicach, który został zniszczony w XV wieku. Nieznane są inne rękopisy wyprodukowane w tym klasztorze[1]. Zapiski w kodeksie kończą się na roku 1229. Kodeks został później oddany w zastaw klasztorowi cystersów w Sedlcu, następnie został odkupiony przez benedyktyński klasztor w Břevnovie. Od 1477 do 1593 był przechowywany w klasztornej bibliotece w Broumovie, do czasu, kiedy to został przeniesiony do Pragi w 1594, by stać się częścią kolekcji Rudolfa II Habsburga[1]. W roku 1648, w czasie oblężenia Pragi pod koniec wojny trzydziestoletniej, cała kolekcja Rudolfa została zagrabiona przez szwedzkie wojska. 7 maja 1697 roku, podczas pożaru w zamku królewskim w Sztokholmie, ucierpiała biblioteka królewska. Kodeks został uratowany poprzez wyrzucenie przez okno. Kodeks doznał szkód ze strony osób trzecich, niektóre z jego kart zostały wtedy utracone i brakuje ich do dnia dzisiejszego[2].

Od 1649 roku manuskrypt był przechowywany w Szwedzkiej Królewskiej Bibliotece w Sztokholmie[3]. W roku 1877 został przekazany Szwedzkiej Bibliotece Narodowej (A 148)[4][5] . W roku 1970 został wypożyczony do Stanów Zjednoczonych, a w roku 1999 – do Berlina. 24 września 2007 roku, po ponad 350 latach, Codex Gigas powrócił do Pragi, jako eksponat wypożyczony od Szwecji do stycznia 2008 roku i był przechowywany w Czeskiej Bibliotece Narodowej[6].