Park został założony w 1962 roku[1] i jest największym i najwcześniej ustanowionym parkiem narodowym w Bośni i Hercegowinie. Jego ustanowienie wynikało bardziej z faktu, że był on miejscem rozgrywania historycznych bitew, niż z potrzeby ochrony przyrody[2].

Rezerwat leśny Perućica, znajdujący się w obrębie parku narodowego, został utworzony w 1952 roku[1], jako "Rezerwat przyrody dla celów naukowych i edukacyjnych"[3]. Perućica, która jest jednym z dwóch ostatnich zachowanych lasów pierwotnych w Europie, jest jednym z pięciu ścisłych rezerwatów przyrody w Bośni i Hercegowinie[3].

Park słynie również jako miejsce bitwy nad Sutjeską, która trwała od 15 maja do 16 czerwca 1943 roku podczas II wojny światowej, gdzie partyzanci odnieśli zwycięstwo nad niemieckimi siłami okupacyjnymi. W bitwie na czele partyzantów stał Naczelny Sztab Jugosławii marszałka Josipa Broz Tito, który udaremnił plany wroga. Partyzantom udało się wyrwać z okrążenia, mimo że stracili jedną trzecią swoich ludzi. Kilka dużych kamiennych pomników upamiętnia to wydarzenie na północnym skraju parku w Tjentište, na drodze do rezerwatu leśnego Perucica[4][5][6].